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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于图位克隆的一点疑惑
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lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 关于图位克隆的一点疑惑

大家好:我最近看了些图位克隆的资料，我有一个问题，那就是对于已经测序的物种，在已有标记无法进一步缩小距离的情况下，如何设计新的标记，，如CAPS和Indel标记，如何利用数据库中的数据设计？我要克隆的序列不是未知的吗？那如何设计引物啊？求大侠讲解下吧。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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1楼 2015-04-25 23:27:55
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lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yingheqian at 2015-04-26 12:54:32
你用的两个亲本如果都有测序的数据了，可以比对定位的区域中的序列差异来设计Indel或CAPS差异。如果没有，那么只能根据参考品种的序列设计STS引物扩增后电泳，看你运气，有的物种InDel比例高，有的低。也可以把2个品 ...

我还有一个问题想请教一下，用2个品种的PCR产物去测序，那么已有标记之间要是间隔的碱基数比较多的话，PCR要设计多长的片段合适？
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4楼2015-04-27 20:49:53
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yingheqian

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lwk5716: 金币+8, ★★★很有帮助, 谢谢你的回答！ 2015-04-26 15:18:20
lwk5716: 金币+12, ★★★很有帮助 2015-04-28 11:49:59
你用的两个亲本如果都有测序的数据了，可以比对定位的区域中的序列差异来设计Indel或CAPS差异。如果没有，那么只能根据参考品种的序列设计STS引物扩增后电泳，看你运气，有的物种InDel比例高，有的低。也可以把2个品种的PCR产物直接测序，看看有没有设计内切酶位点的SNP，有的话，就是一个CAPS标记。做SNP把握更大一些。
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2楼2015-04-26 12:54:32
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lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yingheqian at 2015-04-26 12:54:32
你用的两个亲本如果都有测序的数据了，可以比对定位的区域中的序列差异来设计Indel或CAPS差异。如果没有，那么只能根据参考品种的序列设计STS引物扩增后电泳，看你运气，有的物种InDel比例高，有的低。也可以把2个品 ...

我将来可能会做玉米的图位克隆，但是是地方品种，不是测序的那个品种，看来只能参考测序的品种序列了。
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3楼2015-04-26 15:20:42
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yingheqian

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lwk5716 at 2015-04-27 20:49:53
我还有一个问题想请教一下，用2个品种的PCR产物去测序，那么已有标记之间要是间隔的碱基数比较多的话，PCR要设计多长的片段合适？...

这个靠运气，也看物种，我们蚕里面检测出PCR长度多态的ＳＴＳ标记比例只有１０％左右。测序出来的SNP有50%左右。我们一般设计引物可以扩展800bp左右的PCR产物，刚好一个测序反应基本可以测通。
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5楼2015-04-27 21:27:48
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