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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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清晨初日

铜虫 (小有名气)

[求助] rt-pcr引物设计问题(新手求助,5555) 已有1人参与

NCBI上面检索到的基因序列,起始密码子前面和终止密码子后面都还有碱基,那我设计上下游引物的时候,是去掉这些碱基从起始密码子开始设计引物,还是应该怎样做?
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学渣逆袭,都闪开
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
清晨初日: 金币+10 2015-04-23 11:17:41
你的最终目的是要构建表达载体吗?你查到的应该是cDNA序列,起始密码子、终止密码子两侧分别是5‘UTR、3'UTR,如果起始密码子开始的引物特异性、扩增效率很好,那就直接从起始密码子开始,如果不好,也可以在UTR区设计,扩增出来连到T载后,以其为模板再用起始密码子开始的引物扩。
2楼2015-04-22 11:44:31
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森林独行者

新虫 (初入文坛)

不需要去除,你选的是CDS区,直接设计就可以
3楼2015-04-23 10:09:09
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清晨初日

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 森林独行者 at 2015-04-23 10:09:09
不需要去除,你选的是CDS区,直接设计就可以

起始密码子和终止密码子之间才是cds区啊,那我就是从这两个密码子开始?不管前后其他的序列?
学渣逆袭,都闪开
4楼2015-04-23 11:18:55
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清晨初日

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2015-04-22 11:44:31
你的最终目的是要构建表达载体吗?你查到的应该是cDNA序列,起始密码子、终止密码子两侧分别是5‘UTR、3'UTR,如果起始密码子开始的引物特异性、扩增效率很好,那就直接从起始密码子开始,如果不好,也可以在UTR区设 ...

构建重组质粒。那下游引物是不是类似,也可以在3‘UTR区开始设计引物?“在UTR区设计,扩增出来连到T载后,以其为模板再用起始密码子开始的引物扩。”您的意思是还要再合成起始密码子开始的引物?
学渣逆袭,都闪开
5楼2015-04-23 11:45:51
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 清晨初日 at 2015-04-23 11:45:51
构建重组质粒。那下游引物是不是类似,也可以在3‘UTR区开始设计引物?“在UTR区设计,扩增出来连到T载后,以其为模板再用起始密码子开始的引物扩。”您的意思是还要再合成起始密码子开始的引物?...

对,因为有的时候起始密码子开始的引物用cDNA或DNA做模板扩增时效率低,用UTR区的高效率引物扩出序列连到载体后,以载体质粒为模板扩增效率会高很多。
6楼2015-04-23 13:30:15
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清晨初日

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by stone2239 at 2015-04-23 13:30:15
对,因为有的时候起始密码子开始的引物用cDNA或DNA做模板扩增时效率低,用UTR区的高效率引物扩出序列连到载体后,以载体质粒为模板扩增效率会高很多。...

这样要合成2条引物岂不是很麻烦?我还是尽量用起始密码子开始对吧?
学渣逆袭,都闪开
7楼2015-04-23 15:54:14
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 清晨初日 at 2015-04-23 15:54:14
这样要合成2条引物岂不是很麻烦?我还是尽量用起始密码子开始对吧?...

恩,是的。
8楼2015-04-23 16:44:18
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