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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 探究颗粒扩散时，颗粒是否给定热浴
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wj925806

铜虫 (小有名气)

[求助] 探究颗粒扩散时，颗粒是否给定热浴已有1人参与

大家好。我最近在模拟颗粒在polymer中的扩散，想问下大家，此时颗粒是否要控制温度呢？如果控制颗粒的温度，是否会影响了它的扩散速度？  这里多谢大家！
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1楼2015-04-11 16:34:02
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
wj925806(abinitio代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-04-13 10:58:20
没温度粒子有速度么？
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2楼2015-04-12 15:38:27
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wj925806

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lx_PICO at 2015-04-12 15:38:27
没温度粒子有速度么？

它周围的polymer对它有作用力，所以它会有速度啊。因为观察的是扩散，所以我在想颗粒要不要给热浴
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3楼2015-04-12 23:08:27
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
wj925806(abinitio代发): 金币+5, 鼓励交流 2015-04-13 10:58:35
wj925806: 金币+50, ★★★很有帮助 2015-04-13 12:08:55
一般研究扩散都是在某个温度下进行，因为温度对扩散系数的影响是非常大（扩散系数和温度的倒数呈指数型关系）。所以在研究扩散的模拟中都要使用热浴。通常的做法是在NPT或NVT下平衡后，在NVE下进行采样计算MSD或VACF来获得扩散系数（如果不是特别追求过程上的严谨也可以直接在NVT下采样计算扩散系数）。
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4楼2015-04-12 23:17:50
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wj925806

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lsloneil at 2015-04-12 23:17:50
一般研究扩散都是在某个温度下进行，因为温度对扩散系数的影响是非常大（扩散系数和温度的倒数呈指数型关系）。所以在研究扩散的模拟中都要使用热浴。通常的做法是在NPT或NVT下平衡后，在NVE下进行采样计算MSD或VAC ...

嗯，你说的很对。在nvt下计算MSD时，我知道系统是要给定温度的，我观察的是颗粒在polymer中的扩散，颗粒是否也控制温度呢？我是担心对颗粒控制温度后，影响了它的扩散速度？不知道这样的理解对不对，还请多多指教啊
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5楼2015-04-13 09:42:19
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wj925806 at 2015-04-12 13:42:19
嗯，你说的很对。在nvt下计算MSD时，我知道系统是要给定温度的，我观察的是颗粒在polymer中的扩散，颗粒是否也控制温度呢？我是担心对颗粒控制温度后，影响了它的扩散速度？不知道这样的理解对不对，还请多多指教啊...

当你的体系已经在NVT下平衡后，颗粒的温度也已经达到了你指定的温度，不信的话你可以算算颗粒的平均动能看是不是在3/2*k*T附近。

如果你在做NVT平衡的时候只对polymer而没有对颗粒施加热浴，这是不正确的。
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6楼2015-04-13 10:23:12
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wj925806

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lsloneil at 2015-04-13 10:23:12
当你的体系已经在NVT下平衡后，颗粒的温度也已经达到了你指定的温度，不信的话你可以算算颗粒的平均动能看是不是在3/2*k*T附近。

如果你在做NVT平衡的时候只对polymer而没有对颗粒施加热浴，这是不正确的。...

我想再问一下，如果我用NVT系统采样计算扩散常数时，这个阶段颗粒是不是也施加热浴？
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7楼2015-04-13 12:12:00
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wj925806 at 2015-04-12 16:12:00
我想再问一下，如果我用NVT系统采样计算扩散常数时，这个阶段颗粒是不是也施加热浴？...

是的，NVT热浴是对你的整个体系施加的，包括颗粒和polymer。

如我前面所述，更严谨的计算扩散系数的方法是先把体系用NVT热浴平衡，平衡之后在NVE系综下采样（也就是把热浴关掉）。但对于有些体系由于某些原因（比如力场），NVE下能量漂移会比较大，导致体系整体温度升高，这时最好还是用NVT采样。
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8楼2015-04-13 12:42:57
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wj925806

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lsloneil at 2015-04-13 12:42:57
是的，NVT热浴是对你的整个体系施加的，包括颗粒和polymer。

如我前面所述，更严谨的计算扩散系数的方法是先把体系用NVT热浴平衡，平衡之后在NVE系综下采样（也就是把热浴关掉）。但对于有些体系由于某些原因（ ...

好的，非常感谢了！
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9楼2015-04-13 14:35:39
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chinaboy798

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

好想学习下扩散的建模   以及in文件的设置     不知道大神们有联系方式么  ？简单说下即可1
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10楼2015-04-24 15:58:35
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