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wj925806

铜虫 (小有名气)

[求助] 探究颗粒扩散时,颗粒是否给定热浴 已有1人参与

大家好。我最近在模拟颗粒在polymer中的扩散,想问下大家,此时颗粒是否要控制温度呢?如果控制颗粒的温度,是否会影响了它的扩散速度?  这里多谢大家!
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
wj925806(abinitio代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-04-13 10:58:20
没温度粒子有速度么?
2楼2015-04-12 15:38:27
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wj925806

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lx_PICO at 2015-04-12 15:38:27
没温度粒子有速度么?

它周围的polymer对它有作用力,所以它会有速度啊。因为观察的是扩散,所以我在想颗粒要不要给热浴
3楼2015-04-12 23:08:27
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
wj925806(abinitio代发): 金币+5, 鼓励交流 2015-04-13 10:58:35
wj925806: 金币+50, ★★★很有帮助 2015-04-13 12:08:55
一般研究扩散都是在某个温度下进行,因为温度对扩散系数的影响是非常大(扩散系数和温度的倒数呈指数型关系)。所以在研究扩散的模拟中都要使用热浴。通常的做法是在NPT或NVT下平衡后,在NVE下进行采样计算MSD或VACF来获得扩散系数(如果不是特别追求过程上的严谨也可以直接在NVT下采样计算扩散系数)。
4楼2015-04-12 23:17:50
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wj925806

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lsloneil at 2015-04-12 23:17:50
一般研究扩散都是在某个温度下进行,因为温度对扩散系数的影响是非常大(扩散系数和温度的倒数呈指数型关系)。所以在研究扩散的模拟中都要使用热浴。通常的做法是在NPT或NVT下平衡后,在NVE下进行采样计算MSD或VAC ...

嗯,你说的很对。在nvt下计算MSD时,我知道系统是要给定温度的,我观察的是颗粒在polymer中的扩散,颗粒是否也控制温度呢?我是担心对颗粒控制温度后,影响了它的扩散速度?不知道这样的理解对不对,还请多多指教啊
5楼2015-04-13 09:42:19
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wj925806 at 2015-04-12 13:42:19
嗯,你说的很对。在nvt下计算MSD时,我知道系统是要给定温度的,我观察的是颗粒在polymer中的扩散,颗粒是否也控制温度呢?我是担心对颗粒控制温度后,影响了它的扩散速度?不知道这样的理解对不对,还请多多指教啊...

当你的体系已经在NVT下平衡后,颗粒的温度也已经达到了你指定的温度,不信的话你可以算算颗粒的平均动能看是不是在3/2*k*T附近。

如果你在做NVT平衡的时候只对polymer而没有对颗粒施加热浴,这是不正确的。
6楼2015-04-13 10:23:12
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wj925806

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by lsloneil at 2015-04-13 10:23:12
当你的体系已经在NVT下平衡后,颗粒的温度也已经达到了你指定的温度,不信的话你可以算算颗粒的平均动能看是不是在3/2*k*T附近。

如果你在做NVT平衡的时候只对polymer而没有对颗粒施加热浴,这是不正确的。...

我想再问一下,如果我用NVT系统采样计算扩散常数时,这个阶段颗粒是不是也施加热浴?
7楼2015-04-13 12:12:00
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by wj925806 at 2015-04-12 16:12:00
我想再问一下,如果我用NVT系统采样计算扩散常数时,这个阶段颗粒是不是也施加热浴?...

是的,NVT热浴是对你的整个体系施加的,包括颗粒和polymer。

如我前面所述,更严谨的计算扩散系数的方法是先把体系用NVT热浴平衡,平衡之后在NVE系综下采样(也就是把热浴关掉)。但对于有些体系由于某些原因(比如力场),NVE下能量漂移会比较大,导致体系整体温度升高,这时最好还是用NVT采样。
8楼2015-04-13 12:42:57
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wj925806

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by lsloneil at 2015-04-13 12:42:57
是的,NVT热浴是对你的整个体系施加的,包括颗粒和polymer。

如我前面所述,更严谨的计算扩散系数的方法是先把体系用NVT热浴平衡,平衡之后在NVE系综下采样(也就是把热浴关掉)。但对于有些体系由于某些原因( ...

好的,非常感谢了!
9楼2015-04-13 14:35:39
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chinaboy798

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

好想学习下扩散的建模   以及in文件的设置     不知道大神们有联系方式么  ?简单说下即可1
10楼2015-04-24 15:58:35
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