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骆驼人

金虫 (正式写手)

[交流] 质粒双酶切后回收效率非常低 已有6人参与

400bp目的片段连接在Puc57上,载体大小4-5K,体系为50ul,SpeI和AscI各1ul双酶切,延长酶切时间,回收后浓度只有4ng/ul,同时对表达载体(约10K)酶切回收后的浓度为40ng/ul,目的片段这么低的浓度能够进行连接吗?
如果我把目的片段先扩出来,纯化后再双酶切,这样会不会好一点,只是有一点担心的是片段太小,会不会回收不到?有做过400bp片段PCR后双酶切的吗?
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潇潇杨雨125

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
直接PCR产物双酶切,不是减少损失了吗?

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2015-04-08 01:00:36
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2015-04-08 09:32:26
酶切产物切胶回收后测浓度时经常会出现浓度较低的现象,这并不一定是回收率低的问题,有可能是回收时,溶液中残存的琼脂糖干扰吸光值。建议取2微升跑个电泳看看,如能看到回收条带,那做连接应该没问题。即使电泳看不到带,连接一样是有可能成功的。你说的先把片段扩出来,纯化后再双酶切,当然也是可以的,400bp做酶切完全没有问题,关键是你的扩增产物酶切位点两侧是否加了保护碱基,如果没加,会影响酶切效率,甚至可能切不开。
3楼2015-04-08 02:01:42
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骆驼人

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by stone2239 at 2015-04-08 02:01:42
酶切产物切胶回收后测浓度时经常会出现浓度较低的现象,这并不一定是回收率低的问题,有可能是回收时,溶液中残存的琼脂糖干扰吸光值。建议取2微升跑个电泳看看,如能看到回收条带,那做连接应该没问题。即使电泳看 ...

嗯,谢谢回复,扩增产物两端是加了保护碱基的。那我先连接下试试看,不行的话再扩增后酶切,

[ 发自小木虫客户端 ]
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4楼2015-04-08 03:36:40
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骆驼人

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 潇潇杨雨125 at 2015-04-08 01:00:36
直接PCR产物双酶切,不是减少损失了吗?

考虑的是,扩增时残留的酶,buffer等会改变酶切时的buffer,这样就会影响酶切

[ 发自小木虫客户端 ]
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5楼2015-04-08 03:41:02
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liu_y

铜虫 (初入文坛)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-04-10 22:31:42
我也遇到过回收产物浓度过低的情况, 这种情况做连接就是碰运气, 连不上的情况居多.
个人感觉nano测定浓度在10ng/ul以上才放心做连接, 实在不行就重做酶切, 加大上样量, 减少洗脱体积, 尽可能浓缩目的片断
6楼2015-04-08 17:07:10
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李小同

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
换个好点的试剂盒咯,我们用qiagen的试剂盒,基本上回收率能达到70%以上
7楼2015-04-08 17:23:51
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骆驼人

金虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by liu_y at 2015-04-08 17:07:10
我也遇到过回收产物浓度过低的情况, 这种情况做连接就是碰运气, 连不上的情况居多.
个人感觉nano测定浓度在10ng/ul以上才放心做连接, 实在不行就重做酶切, 加大上样量, 减少洗脱体积, 尽可能浓缩目的片断

恩恩,这些都做了,转化后出现了十几个单克隆,应该够的了,菌液PCR后测序看看,
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8楼2015-04-09 20:21:24
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骆驼人

金虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 李小同 at 2015-04-08 17:23:51
换个好点的试剂盒咯,我们用qiagen的试剂盒,基本上回收率能达到70%以上

有这个试剂盒,只是时间久了,不想用它了,嘿嘿
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9楼2015-04-09 20:22:20
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wshi85

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-04-10 22:32:03
这个载体直接酶切的产物浓度低是没什么问题的,可以直接连载体!
如果你要pcr的话建议选择保真的酶,用通用引物去扩增,纯化后再酶切,回收!
很久没在虫虫上漂游了,觉得回归虫虫!
10楼2015-04-09 20:56:09
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