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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS导入cif文件晶胞中分子数的确定方法
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嗨皮你我

新虫 (初入文坛)

[求助] MS导入cif文件晶胞中分子数的确定方法已有1人参与

各位大牛们，这个是我的晶体cif文件，导入MS中后显示的晶胞结构怎么和cif中分子个数不同呢，MS晶胞中显示了8个分子，请问cif中所有原子数应该就是一个晶胞中包括的原子个数吧，初涉猎晶体想关心知识，求解答，或者请好心的大神能根据我的cif提供的参数帮我把其晶胞结构图画出来，感激流涕！！！

data_CSD_CIF_ROFZOC
_audit_creation_date 2008-11-06
_audit_creation_method CSD-ConQuest-V1
_database_code_CSD ROFZOC
_chemical_formula_sum 'C9 H10  O3'
_symmetry_cell_setting monoclinic
_symmetry_space_group_name_H-M 'P 21/c'
_symmetry_Int_Tables_number 14
loop_
_symmetry_equiv_pos_site_id
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
1 x,y,z
2 -x,1/2+y,1/2-z
3 -x,-y,-z
4 x,-1/2-y,-1/2+z
_cell_length_a 13.7352(6)
_cell_length_b 14.4140(6)
_cell_length_c 8.7890(4)
_cell_angle_alpha 90
_cell_angle_beta 100.742(3)
_cell_angle_gamma 90
_cell_formula_units_Z 8
loop_
_atom_type_symbol
_atom_type_radius_bond
C 0.68
H 0.23
O 0.68
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
O1 O 0.12477(10) 0.43352(12) 0.28767(13)
O2 O 0.12710(11) 0.36758(9) 1.00143(14)
O3 O 0.12391(10) 0.54909(7) 0.94489(12)
C1 C 0.12429(11) 0.45393(11) 0.55447(17)
C2 C 0.12350(12) 0.51971(11) 0.67073(17)
C3 C 0.12434(11) 0.49228(10) 0.82084(16)
C4 C 0.12606(12) 0.39763(11) 0.85609(16)
C5 C 0.12674(14) 0.33230(12) 0.74025(19)
C6 C 0.12612(13) 0.36096(12) 0.59045(18)
C7 C 0.12395(14) 0.48538(14) 0.39633(19)
C8 C 0.12357(18) 0.64675(12) 0.9186(2)
C9 C 0.1244(2) 0.69335(18) 1.0715(3)
O4 O 0.37024(11) 0.56574(12) 0.86077(14)
O5 O 0.37991(12) 0.63363(10) 0.15095(15)
O6 O 0.37825(10) 0.45237(8) 0.20437(13)
C10 C 0.37039(12) 0.54556(11) 0.59351(17)
C11 C 0.37298(12) 0.48002(12) 0.47729(18)
C12 C 0.37476(11) 0.50805(10) 0.32797(17)
C13 C 0.37515(12) 0.60323(11) 0.29454(18)
C14 C 0.37110(14) 0.66787(12) 0.40983(19)
C15 C 0.36854(13) 0.63909(12) 0.5583(2)
C16 C 0.37151(14) 0.51450(16) 0.7520(2)
C17 C 0.37312(17) 0.35399(12) 0.2254(2)
C18 C 0.3821(2) 0.30995(18) 0.0736(3)
H1 H 0.1261(16) 0.4088(19) 1.061(3)
H2 H 0.1292(12) 0.2659(16) 0.769(2)
H3 H 0.1271(13) 0.3143(15) 0.513(2)
H4 H 0.1224(12) 0.5864(15) 0.642(2)
H5 H 0.0633(18) 0.6778(17) 1.111(3)
H6 H 0.1828(19) 0.6754(18) 1.144(3)
H7 H 0.1219(17) 0.753(2) 1.052(3)
H8 H 0.0602(16) 0.6625(15) 0.843(3)
H9 H 0.1861(16) 0.6620(15) 0.876(2)
H10 H 0.1194(14) 0.5560(16) 0.378(2)
H11 H 0.3722(13) 0.7337(16) 0.381(2)
H12 H 0.3666(13) 0.6803(15) 0.638(2)
H13 H 0.3747(12) 0.4127(15) 0.507(2)
H14 H 0.3786(17) 0.592(2) 0.088(3)
H15 H 0.3753(13) 0.4451(15) 0.767(2)
H16 H 0.4291(15) 0.3369(14) 0.313(2)
H17 H 0.3088(15) 0.3405(14) 0.256(2)
H18 H 0.383(2) 0.243(3) 0.097(4)
H19 H 0.325(2) 0.329(2) -0.001(3)
H20 H 0.445(2) 0.3290(18) 0.042(3)

MS导入cif文件晶胞中分子数的确定方法
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1楼2015-04-04 17:04:48
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嗨皮你我

新虫 (初入文坛)
急急急，顶顶，不要沉啊，大牛们帮帮忙，毕设要提交了，请求支援
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2楼2015-04-04 17:06:07
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★ ★
嗨皮你我(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-04-08 07:55:16
CCDC里没有显示分子数目啊

cif导入后是什么样就是什么样
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2015-04-07 08:44:17
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嗨皮你我

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pigrass at 2015-04-07 08:44:17
CCDC里没有显示分子数目啊

cif导入后是什么样就是什么样

你好大神，这是我导入MS后的晶胞结构图，我不确定晶胞中应该有几个分子，这里自动显示的是8个 ，我总觉得不太对，求解答
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4楼2015-04-08 00:00:53
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

左边properties下拉symmetry system显示原子数是C72H80O24
cif显示分子式是C9 H10  O3
所以除一下是有8个小分子
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
5楼2015-04-08 08:22:37
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嗨皮你我

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by pigrass at 2015-04-08 08:22:37
左边properties下拉symmetry system显示原子数是C72H80O24
cif显示分子式是C9 H10  O3
所以除一下是有8个小分子

您好，还是有些疑问，这是我的物质单晶数据解析的出处，您能帮我分析这个晶胞中分子分布的情况吗，是4个不对称结构，每个包含2个分子？还有他给出的分子构象为何画出了2个分子，而且原子编号也不是按顺序来的？请大神赐教！
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6楼2015-04-09 21:59:38
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嗨皮你我

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 嗨皮你我 at 2015-04-09 21:59:38
您好，还是有些疑问，这是我的物质单晶数据解析的出处，您能帮我分析这个晶胞中分子分布的情况吗，是4个不对称结构，每个包含2个分子？还有他给出的分子构象为何画出了2个分子，而且原子编号也不是按顺序来的？请大 ...

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2959403/?4822
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7楼2015-04-09 22:03:24
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
6楼: Originally posted by 嗨皮你我 at 2015-04-09 21:59:38
您好，还是有些疑问，这是我的物质单晶数据解析的出处，您能帮我分析这个晶胞中分子分布的情况吗，是4个不对称结构，每个包含2个分子？还有他给出的分子构象为何画出了2个分子，而且原子编号也不是按顺序来的？请大 ...

P21/C空间群是每个原子有4个对称性位置，你复制一个小分子到P21/C晶胞，最多看到4个小分子
在这个cif里有8个小分子，所以最少需要2个完整C9H10O3的坐标，共计44个坐标数据

至于原子编号，这个跟程序有关，这个xsd导出的cif里原子就是这么排列的，为了清晰点可以自己手动区分开2个小分子的坐标数据
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
8楼2015-04-10 09:23:53
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