| 查看: 1732 | 回复: 10 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
chuntao118新虫 (著名写手)
|
[求助]
site-site correlation functions 与径向分布函数的区别与联系 已有2人参与
|
||||
|
请教各位研究分子结构的，通常我们所说的site-site correlation functions ,the pair correlation function and site-site radial distribution function是不是一个概念？ 在这里我个人认为：the pair correlation function and site-site radial distribution function是同一个概念只是表述不一样罢了。但是对于site-site correlation functions怎么感觉有点怪怪的至今没有找到原始的确切定义，只是在文献“molecular dynamics simulation of dense fluid methane"中的一个解释：”The site-site correlation function is proportional to the probability density of finding the B-site of some molecule at a distance r_AB from the A-site of some different molecule.“我个人理解这三者的定义是一致的都是：”给定某个粒子的坐标，其他粒子在空间的分布几率“，不过我直接按照径向分布函数来模拟的结果和文献的结果相差甚远附件中附上这篇文献，希望知道的能够指点一二。 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : R1979Molecular_dynamics_simulation_of_dense_fluid_methane研究粗粒化甲烷用.pdf
2015-04-01 10:47:03, 581.13 K
» 猜你喜欢
拟解决的关键科学问题还要不要写
已经有9人回复
-
救命帖
已经有5人回复
-
限项规定
已经有5人回复
-
为什么nbs上溴 没有产物点出现呢
已经有9人回复
-
招博士
已经有3人回复
-
存款400万可以在学校里躺平吗
已经有35人回复
-
最失望的一年
已经有18人回复
-
求推荐博导
已经有4人回复
-
求助一下有机合成大神
已经有4人回复
-
求推荐英文EI期刊
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
|
VACF出现振荡是很正常的，但一般更常见的是在0附近振荡，比如这个网页上的解释 http://www.ccp5.ac.uk/DL_POLY/Democritus/Theory/vaf.html 这个网页上把振荡解释为高密度下粒子间较强的相互作用，你的情况或许类似。 |
11楼2015-04-08 10:25:12
abinitio
版主 (著名写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 221 (大学生)
- 贵宾: 0.093
- 金币: 7365.2
- 散金: 3917
- 红花: 57
- 帖子: 1317
- 在线: 485.2小时
- 虫号: 368545
- 注册: 2007-05-11
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
- 管辖: 分子模拟
2楼2015-04-01 11:10:41
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
chuntao118: 金币+50, ★★★很有帮助, 谢谢了，我再看看吧？我也怀疑可能是力场参数吧！但是采用的力场参数是那篇文献的力场参数和模型。径向分布函数的成没有问题，主要是第一峰值太低了！ 2015-04-01 12:18:36
abinitio: 金币+2, 感谢精彩应助！ 2015-04-01 17:19:25
感谢参与，应助指数 +1
chuntao118: 金币+50, ★★★很有帮助, 谢谢了，我再看看吧？我也怀疑可能是力场参数吧！但是采用的力场参数是那篇文献的力场参数和模型。径向分布函数的成没有问题，主要是第一峰值太低了！ 2015-04-01 12:18:36
abinitio: 金币+2, 感谢精彩应助！ 2015-04-01 17:19:25
|
你的理解基本正确，两者是差不多的东西，本质都是概率密度函数。 site-site correlation function一般是针对不同分子间的原子对的，为了描述原子位置间的关联，通常除了原子间距离外，还要考虑分子间的取向(orientation, 一般用欧拉角来表示），详细介绍可以看Theory of Simple Liquids (Hansen and McDonald ) 11.3节。 但你这篇文献里在算site-site correlation function已经对所有取向求平均了，所以和一般的径向分布函数没有太大区别。至于你为什么和文献中不一致，原因很难说，你得检查你的力场参数和设置，同时检查你的rdf计算程序，一个比较常见的错误是计算这样的rdf时包含了分子内的贡献，也就是说计算A与B原子的rdf时不应该考虑A和B处于同一个分子内的情况，否则的话你的rdf在短距离内会出现一个大峰。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
chuntao1183楼2015-04-01 11:38:20
chuntao118
新虫 (著名写手)
- 应助: 93 (初中生)
- 金币: 2590.9
- 散金: 1402
- 红花: 25
- 帖子: 1611
- 在线: 241.2小时
- 虫号: 1791567
- 注册: 2012-05-02
- 专业: 计算数学与科学工程计算
4楼2015-04-04 18:43:26