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necrosis

新虫 (小有名气)

[求助] 请问qPCR时,目的基因与内参的CT值之差大于10,是不是说明表达非常低?? 已有3人参与

我是qPCR新手,想请教大家两个问题,大家互相探讨。
1、我之前做过一个基因的普通PCR,跑胶结果显示样本A没有条带,B有明显的带,内参18S是齐的。然后同样的样本做了qPCR,发现样本A与18s的CT值之差为10左右,而样本B为2。我的问题是,目的基因与内参的CT 值之差大于10,是否说明目的基因表达量很低甚至不表达?这可以作为一个标准吗?如果不是这样,是否就只能与阴性对照(即不加cDNA模板)进行对比来判断基因是否不表达?
2、如果要用qPCR检测某个基因是否被敲除掉,可以用上面提到的方法吗?(与内参的CT值比较,或者与阴性对照CT值比较)
谢谢大家了!!!
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bbqlhb

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
necrosis(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-02-13 20:56:48
引用回帖:
2楼: Originally posted by necrosis at 2015-02-13 13:45:28
谢谢你,不知道还有没有人关注过△CT值与表达的关系

你别吓我。。。你在谢谁呢。。
1、可以作为一个标准。阴性对照是用来检测你本次试验有没污染。
2、看基因有没被敲除,你直接用这个基因的探针来钓。P不出来就是没啊。。
3楼2015-02-13 15:21:00
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necrosis

新虫 (小有名气)

谢谢你,不知道还有没有人关注过△CT值与表达的关系
2楼2015-02-13 13:45:28
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necrosis

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by bbqlhb at 2015-02-13 15:21:00
你别吓我。。。你在谢谁呢。。
1、可以作为一个标准。阴性对照是用来检测你本次试验有没污染。
2、看基因有没被敲除,你直接用这个基因的探针来钓。P不出来就是没啊。。...

追问一下:你说的“P不出来”有没有判断标准呢?如果是半定量应该就是没有条带,那如果用qPCR怎么判断呢?
4楼2015-02-13 22:23:41
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fuyuandj86

版主 (著名写手)

己所不欲,勿施于人

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
内参都是浓度相对很高的RNA,差10个Ct还可以接受
Ct在30以下一般都没问题,如果含量太低可以适当提高模板浓度弥补下
The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.
5楼2015-02-14 06:42:50
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