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li_junxia6281

木虫 (著名写手)

[求助] 求助精修一个单核镍晶体的数据,消除B类错误。100金币感谢您的帮助! 已有3人参与

这是一个吡啶-2,6-二甲酸镍的单核配合物(见下图),投了个文章,初审回来说这个数据B类错误没有解决(附件2黄色部分和附件4)。
请牛人帮忙精修,消除B类错误。谢谢。数据见附件3.求助精修一个单核镍晶体的数据,消除B类错误。100金币感谢您的帮助!
7941.PNG


求助精修一个单核镍晶体的数据,消除B类错误。100金币感谢您的帮助!-1
B类错误.PNG
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  • 2015-01-24 21:41:58, 63.25 K
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  • 附件 4 : B15010-cif1-1-Ni-pydc-checkcif.pdf
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匿名

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精修问题可私信


li_junxia6281: 回帖置顶 2015-01-28 20:57:47
本帖仅楼主可见
17楼2015-01-27 19:04:43
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li_junxia6281

木虫 (著名写手)

li_junxia6281: 回帖置顶 2015-01-28 14:54:26
引用回帖:
6楼: Originally posted by lich666 at 2015-01-25 16:45:13
不搞问题应该也不大。...

首先非常感谢您。
需要请教的问题是:
(1) 分子式在cif check后给出的是C7 H9 N Ni O7(见附件3,4),O2W,O2WA两
    个水分子是配位的,键长是2.447A。这在XP,MERCURY软件中显示的都是配位
    的(见附件1,2)。O2W,O2WA上分别有一个H原子无序,您上次修好的。
   问题是上次修好的数据中没有Ni1-O2W,Ni1-O2WA的键长,O2WA的对称代码,
   以及相关的键角、氢键数据等。
   这个期待您的帮助。
(2)昨天您帮我发的txt文件下载了,记事本打开是乱码。恳请您弄好了再帮我发一
     遍吧。附件5是原来的数据。需要有的文件是.cif, .res, .tab,.hkl,.fcf这几个。.tab
     方便做表格。
(3)迅雷快下有时候下不来。羊倌帮我修的数据都没下成。烦您发一份到我的邮箱
      吧。ljx6281@126.com
     无以为报,文章修好了再给您发大红包。
    虽不曾谋面,但感到您的热心,再次感谢您。
求助精修一个单核镍晶体的数据,消除B类错误。100金币感谢您的帮助!-2
5.PNG


求助精修一个单核镍晶体的数据,消除B类错误。100金币感谢您的帮助!-3
w7941_in_C2_c.PNG


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check cif figure.PNG


求助精修一个单核镍晶体的数据,消除B类错误。100金币感谢您的帮助!-5
分子式.PNG

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  • 2015-01-28 14:44:06, 653.92 K
18楼2015-01-28 14:50:53
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匿名

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li_junxia6281: 回帖置顶 2015-01-28 14:25:15
li_junxia6281: 取消置顶 2015-01-28 14:54:05
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3楼2015-01-25 12:32:08
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匿名

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精修问题可私信


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
li_junxia6281: 金币+50, ★★★很有帮助, 请把您帮我修好的数据生成一个.tab文件给我吧,这样好做表格。谢谢! 2015-01-27 01:07:46
li_junxia6281: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 文章今天接受了,发在Z. Naturforschung, Section B杂志上的。感谢一路上的帮助! 2015-05-04 18:21:21
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6楼2015-01-25 16:45:13
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羊倌

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
ppppppppppppppp

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  • 2015-01-25 22:25:47, 196.2 K
准备架人
10楼2015-01-25 22:25:51
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普通回帖

tzeshyang

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
2楼2015-01-25 00:50:09
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li_junxia6281

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lich666 at 2015-01-25 12:32:08
吸收校正做做好,也不费劲。
http://pan.baidu.com/s/1sjM8qWt

请问吸收校正怎么做?
菜鸟,见笑了。
4楼2015-01-25 15:04:06
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匿名

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5楼2015-01-25 16:42:29
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我想更懂你29

专家顾问 (文坛精英)

引用回帖:
2楼: Originally posted by tzeshyang at 2015-01-25 00:50:09
http://pan.baidu.com/s/1dDcV6nR

请教一个问题啊,我看结构中水上的氢被你做无序处理了,为何这样处理呢,还有其他的问题我都觉得好解决,这个问题如何让解决呢
PLAT780_ALERT_1_B Coordinates do not Form a Properly Connected Set     Please Do
以大多数人的努力程度,还轮不到去拼天赋的地步
7楼2015-01-25 21:36:24
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tzeshyang

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 我想更懂你29 at 2015-01-25 21:36:24
请教一个问题啊,我看结构中水上的氢被你做无序处理了,为何这样处理呢,还有其他的问题我都觉得好解决,这个问题如何让解决呢
PLAT780_ALERT_1_B Coordinates do not Form a Properly Connected Set     Please  ...

无序处理是因为无序的氢都可以参与氢键,也因为无序氢附近都有适合的acceptor, 有两个, 如果不做无序,本来应该要做无序的氢在symmetry generate之后会跟自己形成short contact。我也下载了lich666的解,我猜我们都是这样想的。
8楼2015-01-25 21:46:51
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tzeshyang

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 我想更懂你29 at 2015-01-25 21:36:24
请教一个问题啊,我看结构中水上的氢被你做无序处理了,为何这样处理呢,还有其他的问题我都觉得好解决,这个问题如何让解决呢
PLAT780_ALERT_1_B Coordinates do not Form a Properly Connected Set     Please  ...

至于这个
PLAT780_ALERT_1_B Coordinates do not Form a Properly Connected Set     Please Do

我觉得是水分子离主体太远,有一个c-axis的距离,只要把H2O的z值都加上1,应该就OK了。一个c-axis的距离的判断是我把CIF丢进mercury里再save成res文件后看出来的。
9楼2015-01-25 21:52:21
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