[求助] 高通量测序与T-RFLP的结合

本人做的是猪肠道微生物多样性，是个新手，有很多问题需要请问大师们。
1、做T-RFLP用通用引物扩增细菌组总DNA的保守区，然后酶切，根据片段数据库对比找到对应菌群，这个工作已经完成了，但疑问是发文章用数据库比对可靠吗？应该是要跟测序对比吧？那么问题又来了，我看零几年发的文章大多数就是用通用引物扩增保守区后克隆测序，拿回来的数据再找对应菌，这个测序是全序列测序吗？拿回来数据能跟酶切数据比对吗？现在用这个还能发好一点的文章吗？
2、导师想法是做个高通量测序，因为我们实验室以前没做过这方面的东西，弄得也是头大。我的问题就是，高通量测序应该测得都是可变区，得出结果后跟我酶切的保守区有什么内在联系呢？这两个方法能同时联系来说明多样性的问题吗？如果不做高通量，根据酶切所得的不是很可靠的结果，做定量PCR能验证吗？但是做多样性的话，定量需要定很多菌种吧？
好多问题啊，希望大神们能给多给点指点，感觉一入分子深似海，从此毕业是路人啊！

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