| 查看: 5080 | 回复: 17 | ||||||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||||||||
[交流]
关于寻找过渡态的一个小技巧 已有9人参与
|
||||||||||
|
Sample Text by youyno过渡态的寻找是量子化学计算的一个难点，高斯支持三种方案即TS，QST2，QST3，最常用的是前两种，当然不同的情况也有不用的适用性，如果不是很清楚反应的大致机理，一般推荐用TS法，而用TS法只需要输入一个过渡态的假想构型，而正是这种假想构型的构造才是过渡态寻找的关键难点。这里我想提出一种新的方法（也不知道是不是我第一个人提），首先优化基态或者反应前期络合物并计算频率，得到频率之后，在高斯view下观察频率的振动模式，重点关注譬如弯曲和伸缩振动模式，注意到这些振动模式的振动行为是不是和你预想的成键断键趋势相似，如果相似则在选中该频率并在界面上的Manual Displacement选项上打钩，移动右边的光标到相对合理的位置（根据此时构型的变化情况判断），再save structure，如果觉得该构型不是很合理，还可在此基础上自行调整，拿这个结构去做过渡态优化。 这个方法是不是有些人感觉很亲切，其实这就是利用了我们用高斯view消虚频的原理，我们知道当优化基态有虚频时我们可以选中虚频通过调整Manual Displacement获得结构再优化消除虚频，那么相反，我在实频的基础上做类似变换应该也能得到有虚频的过渡态（注：有时候得到的不一定是过渡态，而是一些有虚频的构型变化不大的结构）。再考虑他的化学原理，我们知道振动频率的个数是有分子中原子的数目决定的，只要在反应过程中没有出现线性结构，那么它的振动频率个数就是一定的，不仅数目是一定的种类也是一定的（注：非线性分子含3N-6个振动模式，其中N-1个伸缩，N-2个弯曲，N-3个变形），既然是一定的，那么过渡态的虚频自然也是这三振动模式中的一种，其必定也对应着基态中的同种振动模式。而这种振动模式的方向其实也对应这势能面上的一个方向，如果这个方向正好是过渡态的鞍点的方法，那么我们就能按照这种方法得到过渡态附近的结构，从而得到真正的过渡态。 当然这个方法并没有经过广泛的验证，只是我用自己的课题做了几个简单的测试，还是比较成功，而对于那种超过20个原子的大分子体系，由于振动模式太多很容易发生振动耦合，找起来会比较麻烦，比如某个弯曲振动就很容易和苯环的骨架振动相耦合，这是调节Manual Dispalcement就很容易出现变形的苯环，必定是不合理的，当然你也可以之后做后续调整。 本人也不知道是不是在这里乱弹琴，但意在交流，错误的地方，大家多多指正！同意，并尝试之后感觉不错的就帮忙点个赞啊！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 高斯/MOPAC | 计算化学自用 | 经验 | 自己感觉好的东西 |
| gaussian | 路哥的淘贴 | NEB计算 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
harsucprace» 猜你喜欢
化学相关硕士研究生招收调剂-湖北师范大学 （快来捡漏，最新调剂信息，过国家线即可）
已经有1人回复
-
河南理工大学化学化工学院招收学硕调剂生
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有143人回复
-
黑龙江科技大学化工 环境工程调剂
已经有22人回复
-
图书求助：Fluorescent Probes for Bioactive Species: Design
已经有0人回复
-
莆田学院环境与生物工程学院资源与环境专硕（环境工程方向） 开放调剂招生
已经有13人回复
-
浙江海洋大学石油化工与环境学院招收工科调剂生（学硕、专硕均可，线上面试）
已经有0人回复
-
浙江海洋大学石油化工学院接收工科调剂（学硕、专硕均可，近期线上面试）
已经有8人回复
-
浙江海洋大学石油与天然气工程专业接收工科调剂（13日早上截止，线上面试）
已经有0人回复
-
考研调剂～湖南工程学院材料与化工学院
已经有0人回复
-
同系列相似结构的单层二维COF真空层厚度该如何设置？
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 高斯过渡态的寻找
已经有4人回复
- 怎么寻找过渡态和中间体
已经有11人回复
- 新人求助：对A+B=C+D的反应，用QST2寻找过渡态，反应物，生成物坐标该怎么创建
已经有6人回复
- 高斯09寻找过渡态，急需帮助，十分感谢
已经有6人回复
- 求一个过渡态算例
已经有9人回复
- qst2寻找过渡态有时会出现101错误
已经有7人回复
- VASP寻找过渡态
已经有27人回复
- 红外校正系数，轨道系数，过渡态算例，Gview对称性小技巧
已经有60人回复
- 56条英语阅读理解命题规律及技巧。（有本人自己总结的，还有从别人那抄来的。）
已经有19人回复
- 【求助】过渡态qst2没算完怎么接着继续算？
已经有10人回复
- 【求助】guassview优化酞菁铜
已经有20人回复
- 【讨论】NEB寻找过渡态专题讨论
已经有49人回复
花开淡墨痕lw
新虫 (著名写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1367.5
- 散金: 2003
- 红花: 9
- 沙发: 2
- 帖子: 1966
- 在线: 63.9小时
- 虫号: 3472259
- 注册: 2014-10-13
- 性别: GG
- 专业: 化学计量学与化学信息学
7楼2015-08-26 17:04:12
ztl19780124
金虫 (正式写手)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 354.7
- 红花: 2
- 帖子: 316
- 在线: 110.5小时
- 虫号: 1586262
- 注册: 2012-01-24
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2014-12-25 16:35:36
harsucprace
新虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1187.5
- 散金: 162
- 红花: 1
- 帖子: 270
- 在线: 185.6小时
- 虫号: 2247021
- 注册: 2013-01-17
- 专业: 光谱技术
3楼2015-03-10 21:48:03
小范范1989
木虫 (著名写手)
- 应助: 123 (高中生)
- 金币: 3821.3
- 散金: 968
- 红花: 243
- 帖子: 1979
- 在线: 452.8小时
- 虫号: 2013403
- 注册: 2012-09-19
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
youyno: 金币+10, thank you 2015-03-11 10:09:36
youyno: 金币+10, thank you 2015-03-11 10:09:36
|
好帖，收藏了 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
4楼2015-03-10 23:37:06
20