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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » ts confirmation如何使用
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xxxxxxxfc

金虫 (正式写手)
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10楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-12-21 14:49:55
有可能参数不合理所致，如果不是很大的话可以把IS和FS传上来，我跑个DMol3 测试看看.也不妨把castep的结果发来看看做个对比。

我跑的这个体系比较大，100来个原子，还加U了，很耗资源。不过还是谢谢你的好意。
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11楼2014-12-21 15:21:43
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
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11楼: Originally posted by xxxxxxxfc at 2014-12-21 15:21:43
我跑的这个体系比较大，100来个原子，还加U了，很耗资源。不过还是谢谢你的好意。...

如果不涉及+U问题我这边100原子还应付得来，因为DMol3没法处理U项。
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xxxxxxxfc
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12楼2014-12-21 16:27:07
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xxxxxxxfc

金虫 (正式写手)
送红花一朵
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12楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-12-21 16:27:07
如果不涉及+U问题我这边100原子还应付得来，因为DMol3没法处理U项。...

对了，还想请教一个问题。因为castep里面没有频率计算，所以要进行振动分析(看虚频)，需要计算声子谱，但是计算声子谱需要对原来得到的过渡态进行结构优化，这会改变过渡态的结构，岂不是没有意义了？还有就是虚频是不是一般小于某一个值就不可靠了，一般那个显负数的虚频，其绝对值至少需要大于多少，结果才可靠？
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13楼2015-01-02 11:36:16
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
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13楼: Originally posted by xxxxxxxfc at 2015-01-02 11:36:16
对了，还想请教一个问题。因为castep里面没有频率计算，所以要进行振动分析(看虚频)，需要计算声子谱，但是计算声子谱需要对原来得到的过渡态进行结构优化，这会改变过渡态的结构，岂不是没有意义了？还有就是虚频 ...

声子谱如果是通过有限差分的方法一般是对每个原子在平衡位+delta和-delta的能量做二阶差分，只是计算的时候挪动坐标，结果的反馈不包含这个挪动。一般周期体系那三个很小的虚频应该很容易区分，一般比50小得多。总之，castep做过渡态搜索还是相当麻烦，有条件（软硬件）的话不如去学vasp。
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14楼2015-01-02 13:39:21
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xxxxxxxfc

金虫 (正式写手)
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14楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-01-02 13:39:21
声子谱如果是通过有限差分的方法一般是对每个原子在平衡位+delta和-delta的能量做二阶差分，只是计算的时候挪动坐标，结果的反馈不包含这个挪动。一般周期体系那三个很小的虚频应该很容易区分，一般比50小得多。总 ...

正准备改换到vasp去，主要是前期2个月的辛苦不想白费了，所以还是打算用castep把这儿点做完。我不是很懂你上面说的，是不是意思是说即使对过渡态进行了结构优化，该操作基本也对计算出的声子谱的结果影响不大？我用的是超软赝势，所以声子谱的方法是finite displacement。
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15楼2015-01-02 20:23:41
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
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15楼: Originally posted by xxxxxxxfc at 2015-01-02 20:23:41
正准备改换到vasp去，主要是前期2个月的辛苦不想白费了，所以还是打算用castep把这儿点做完。我不是很懂你上面说的，是不是意思是说即使对过渡态进行了结构优化，该操作基本也对计算出的声子谱的结果影响不大？我用 ...

不是，那个优化不要去管它，当然是不做结构优化，但是这样能不能运行我有点没印象了。超软赝势只能做有限差分。一般有条件建议别用castep作反应，审稿人有时候问你怎么证明你做出来的就是过渡态的时候就很纠结了。
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16楼2015-01-02 22:42:38
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xxxxxxxfc

金虫 (正式写手)
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16楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-01-02 22:42:38
不是，那个优化不要去管它，当然是不做结构优化，但是这样能不能运行我有点没印象了。超软赝势只能做有限差分。一般有条件建议别用castep作反应，审稿人有时候问你怎么证明你做出来的就是过渡态的时候就很纠结了。...

但是不结构优化，算声子谱会报错，而且报错信息里面就提示可能是没有结构优化的原因。很纠结。
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17楼2015-01-02 22:49:36
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
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17楼: Originally posted by xxxxxxxfc at 2015-01-02 22:49:36
但是不结构优化，算声子谱会报错，而且报错信息里面就提示可能是没有结构优化的原因。很纠结。...

这种情况就没办法了。而且计算了声子也不解决全部问题，就算虚频出现或不出现，你也不知道是哪个振动模。
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18楼2015-01-03 09:36:17
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xxxxxxxfc

金虫 (正式写手)
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18楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-01-03 09:36:17
这种情况就没办法了。而且计算了声子也不解决全部问题，就算虚频出现或不出现，你也不知道是哪个振动模。...

那如果我只用castep的TS confirmation进行确认，结果有说服力不？
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19楼2015-01-03 11:07:38
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
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19楼: Originally posted by xxxxxxxfc at 2015-01-03 11:07:38
那如果我只用castep的TS confirmation进行确认，结果有说服力不？...

TS confirm主要是用来确定两个基态间是否存在其他基态吧？而且经验以及其他人的帖子来看，LST/QST方法没有NEB搜索的结果有说服力。目前能想到的问题就这么多了，或者可以再去castep的官方社区，也许他们那真的有好的办法。
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xxxxxxxfc
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20楼2015-01-03 12:37:09
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