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micro-chh

铜虫 (初入文坛)

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[求助] 关于系统发育树可信度的问题已有1人参与

生物信息学里有讲系统发育树的构建，各位大神了解不？发育树节点处的数字代表可信度，越大越好！我做的发育树可信度好低，，，小伙伴们知道是什么原因不？如何提高？谢谢，，，，

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microbiology

1楼 2014-12-10 10:36:51

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我不注意发育树节点处的数字。我注意的问题是建树时候选择的序列一定要是确认序列无误的，特别是在蛋白质序列方面，一定要有论文确认该序列缺失编码一个具有该功能的蛋白质（functional characterized），不能用理论序列（putative）。在其它序列方面也是如此，有的作者自己都乱搞，用未验证的序列的，所以得到序列号之后一定要上NCBI查序列对应的reference看看是否functional characterized还是putative。如果选择putative的，就会从根本上导致建树不可信。