| 查看: 4097 | 回复: 6 | ||
[求助]
southern blot酶切基因组问题 已有2人参与
|
| 如题，做southern blot时，在酶切基因组的时候应该用单切还是双酶切？看好多说单酶切，那么单酶切之后探针结合的条带大小为什么会和敲入的基因大小相同？单切应该不可能正好切下来目的片段的啊 ，切下来大小不一样跑的位置肯定不一样的啊。。。求解！ |
回复此楼» 猜你喜欢
含氟糖皮质激素的外用抗炎利器醋酸氟轻松
已经有0人回复
-
阿莫奈韦（Amenamevir）：解旋酶-引物酶靶向分子的结构特征与合成路径全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有64人回复
-
利瑞鲁单抗：靶向KIR的NK细胞检查点工具抗体，结构基础与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 基因组DNA 酶切后条带不清晰，什么原因啊？
已经有15人回复
- DNA苯酚氯仿抽提问题
已经有3人回复
- 真菌基因组提取
已经有6人回复
- 有没有会做啊 ？我想死的心都有了啊。。。DNA酶切模拟软件。基因三维结构观察等等
已经有3人回复
- 基因组酶切问题！急！
已经有7人回复
- 基因和酶的编号为什么不一样？
已经有4人回复
- southern blot 内切酶和探针设计
已经有6人回复
- southern blot 确定基因拷贝数原理是什么？
已经有4人回复
- TEV蛋白酶酶切体系是什么样的？
已经有6人回复
- 大家来说说做southern blot时，基因组DNA的提取方法
已经有39人回复
- 关于northern southern一些问题
已经有3人回复
- 请大家帮我看看我的southern blot 图片，不知道问题出在哪里了，谢谢
已经有16人回复
- southern blot实验求助
已经有10人回复
- EcoRI 酶切细菌基因组切不开
已经有19人回复
- southern blot 的酶切问题
已经有9人回复
- southern杂交问题
已经有12人回复
- 环状基因组的PCR
已经有4人回复
- southern杂交检测基因拷贝数的原理是什么？
已经有19人回复
- Southern Blot转膜用什么仪器？
已经有3人回复
- 【求助/交流】southern blot 转膜
已经有10人回复
- 【求助/交流】Westen blot问题请教
已经有8人回复
- 【求助/交流】怎样确定一个基因在基因组中是不是单拷贝
已经有5人回复
ksws0465326
金虫 (小有名气)
- 应助: 49 (小学生)
- 金币: 885.4
- 红花: 6
- 帖子: 124
- 在线: 74.5小时
- 虫号: 3263751
- 注册: 2014-06-09
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cnzpli(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励热心回帖交流 2014-12-04 19:54:39
感谢参与，应助指数 +1
cnzpli(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励热心回帖交流 2014-12-04 19:54:39
做southern的话，我一般都选单酶切，先利用软件查找你要酶切坚定的片段上下游大概5k到10k bp的序列，然后从中确定要是用的霉，因为一个酶在目的基因或者目的基因其上下游都可能存在酶切位点，所以我的话一般都找目的基因内没有酶切位点，而在其上下游附近都存在酶切位点的酶，两位点之间的碱基数也可知，假如为5000bp而目的基因片段为3000bp，则探针结合到酶切片段时因为此片段为5000bp所以结果显示为5000bp的条带。如果你找的单酶切在目的基因和其上下游均有位点，例如还是5000的片段，目的基因在其中的1500到4500，你选的酶在目的基因上的第500个碱基位置进行酶切，也就是说目的基因分为500，和2500，因此，此5000bp的片段就分为了2000bp和3000bp的条带，探针虽然是目的片段的全长，但还是可以结合到被切割为两段的片段上，所以检测出来就显示为2000和3000的条带了。不知道以上的讲解能否为楼主解惑。。。 |
2楼2014-12-03 22:02:03
3楼2014-12-04 00:48:08
4楼2014-12-04 14:21:05
5楼2014-12-04 14:28:15
|
我如果没理解错的话，你做的就是转基因在小鼠基因组中的随机整合，大小肯定是不确定的，除非你选的酶在你设计的质粒里面有两个酶切位点，这样不管整合在哪里大小都是一样，然而southern的酶切位点是不应该这么选的，质粒中顶多只能包含一个切割位点（当然这种情况你的目的条带是可能小于转基因大小的）。你做杂交的时候应该加一个质粒做对照，可以用合适的酶切质粒，你知道包含探针靶序列的片段大小，southern条带与预期吻合就可以验证探针没问题，那么你的样本条带就是可信的。 由于整合的随机性，一般不同位点目的条带不一，初步可以判断产生几个条带就说明发生了几个整合。当然也有可能不同整合的大小一样，这时就要做标准品，做灰度定量分析了。 |
6楼2014-12-05 15:15:04
7楼2014-12-22 10:02:02
40