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关于siesta的一些幼稚问题 已有1人参与
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我装好了siesta2.0.2,也看得懂输入文件的参数了。但是我不知道如何使用siesta。。。有够浅显的吧。 是在什么地方编写输入文件？输入文件如何使用？……我不知道运行siesta之后该怎么用〒_〒 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
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zzy@ubuntu:~$ siesta</home/zzy/sourcecode/siesta-2.0.2/Examples/H2O/h2o.fdf Siesta Version: siesta-2.0.2 Architecture : x86_64-unknown-linux-gnu--unknown Compiler flags: /opt/mpich2/bin/mpif90 -g -O2 PARALLEL version * Running in serial mode with MPI >> Start of run: 14-DEC-2014 19:41:12 *********************** * WELCOME TO SIESTA * *********************** reinit: Reading from standard input ************************** Dump of input data file **************************** SystemName Water molecule SystemLabel h2o NumberOfAtoms 3 NumberOfSpecies 2 %block ChemicalSpeciesLabel 1 8 O # Species index, atomic number, species label 2 1 H %endblock ChemicalSpeciesLabel AtomicCoordinatesFormat Ang %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 0.000 0.000 0.000 1 0.757 0.586 0.000 2 -0.757 0.586 0.000 2 %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies ************************** End of input data file ***************************** reinit: ----------------------------------------------------------------------- reinit: System Name: Water molecule reinit: ----------------------------------------------------------------------- reinit: System Label: h2o reinit: ----------------------------------------------------------------------- initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ---------- Species number: 1 Label: O Atomic number: 8 Species number: 2 Label: H Atomic number: 1 Ground state valence configuration: 2s02 2p04 read_pseudo: ERROR: Pseudopotential file not found: O.psf Stopping Program from Node: 0 application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0 zzy@ubuntu:~$ 第一次见计算的时候出现了这些....醉了 |
6楼2014-12-14 19:46:58
2楼2014-12-01 13:10:15
3楼2014-12-01 23:35:14
4楼2014-12-02 13:23:36