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克隆基因克隆不出来,请各位老师同学看看什么问题。
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秦始皇faq
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克隆基因克隆不出来,请各位老师同学看看什么问题。
已有4人参与
各位老师好,本人今年研一,做的是同源基因克隆。师兄从NCBI查找的序列,设计了12对引物(12个功能结构域相似的基因),我用各种处理的(高温,低温,乙醇,盐)CDNA模板跑pcr,一共只有4对引物跑出了条带,但是大都与查找的序列不对应,我使用的是诺唯赞的mix酶。
回收条带后连接pud19-T载体,过夜培养后挑出单克隆,拿去测序,比对率都在25%左右。
不只是哪里出现了问题,跑PCR的时候就是按照师兄给的条件跑的:94 3min ;94 30s, 55 30s, 72 2min(30循环);4 正无穷。
第一次发帖,也没什么经验,不知道说清楚没有,金币也没多少,所以还请各位老师同学见谅,帮帮我!
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2014-11-24 10:22:37
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秦始皇faq
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6楼
:
Originally posted by
枫林123
at 2014-11-25 09:29:27
测序结果比对不正确,估计是因为你引物设计的不特异,没有扩增出你的目的基因;也可能是因为你本身从NCBI上查找的序列就不正确,从而导致引物设计不正确。另外你其他的8个目的片段扩增没有条带,建议你提高一下退火 ...
刚看了下一下我的酶是诺唯赞的2xtaq master mix(dye plus),我也不知道和您的有什么区别,我只是把那个管子上的文字照搬给你看了。。。。
另外,听我师兄说这个酶不是高保真酶,我用高保真酶什么都扩不出来,不知道是不是跟不是高保真酶有关心。
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9楼
2014-11-25 17:06:40
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zshw_001
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2014-11-24 19:11:04
估计和引物设计有关,引物特异性不强,容易扩出其他杂带的,blast一下引物。
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永远相信未知的总是美好的!
2楼
2014-11-24 17:00:24
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Beryl_xu
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2014-11-24 19:11:11
你这个才25%的正确率,也太低了吧。怀疑你用的模板就有问题,你是从文库里面PCR吧,很有可能没P出来。基因是什么?
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3楼
2014-11-24 17:40:10
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秦始皇faq
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2楼
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Originally posted by
zshw_001
at 2014-11-24 17:00:24
估计和引物设计有关,引物特异性不强,容易扩出其他杂带的,blast一下引物。
引物是我师兄设计的,明天我BLAST一下看一下,但是问题是我的12对引物能扩出条带的只有4对,同样的条件下另外8对根本什么都没有,杂带也没有。扩出条带的四对引物大小也不是完全和目的基因大小相匹配的,一般都会比目的基因大。
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4楼
2014-11-24 20:24:37
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