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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 专业学科区 » 农林 » 农林综合 » 已拿到菌的全基因组序列，如何寻找自己代谢产物的合成途径。
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半半911

新虫 (小有名气)

[求助] 已拿到菌的全基因组序列，如何寻找自己代谢产物的合成途径。 已有2人参与

已拿到菌的全基因组序列，公司也已做好基因注释，如何寻找自己代谢产物的合成途径，找到相关基因呢。
本人新手，还求大神帮忙。
基因注释结果代表什么意思呢？表示看不懂
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1楼 2014-11-18 23:00:09
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半半911

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by nanhu1984 at 2014-11-19 19:13:38
将你的所有的gene导入KEGG代谢数据库进行注释

基因已经注释了。我将公司注释的结果可能存在的酶的基因和我这个菌的基因比对没有相似性。这说明我的基因不存在这样的酶？但是公司根据什么注释的呢？小白一个，完全不懂啊
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4楼2014-11-20 16:04:22
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半半911

新虫 (小有名气)
up，本人只是想找到我需要的代谢产物，然后做个q-PCR。
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2楼2014-11-19 09:04:00
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nanhu1984

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
将你的所有的gene导入KEGG代谢数据库进行注释
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https://www.microbialgenomic.cn/
3楼2014-11-19 19:13:38
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suyouzhen

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

3楼正解，KEGG分析。基因注释主要是根据同源序列功能相似比如blastp,blast PSI，还有基于蛋白的功能结构域和标签模体，比如pfam等进行扫描比对推断，但是注释的功能不一定就是真实的功能，注释总是存在错误的，
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5楼2014-11-25 02:37:25
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