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劳龙宝

新虫 (小有名气)

[求助] 750bp片段克隆已有8人参与

虫友们大家好!
       我就不卖关子了。我最近一直在做PCR,目的片段大约是750bp,体系如下:buffer~2ul,dNTPmix~1.6ul ,引物各0.5ul ,模板(cDNA)~2ul,酶~0.2ul,水~13.2ul,一起是20ul的体系,  酶是takara 的ExTaq,   程序:94  5min, 94  30s, annealing 30s,  72  45s,  35个cycles,  72  5min。  刚开始就按引物合成单上面的退火温度来做,结果只有100bp的引物二聚体,后来做了个温度梯度,结果还只有100bp的引物二聚体。上游引物是参考文献上面的,下游引物是软件设计的,上游引物18bp,下游引物19bp。求高手指导啊!先在此谢过大家了!本人金币不过,忘见谅!
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劳龙宝

新虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by 劳龙宝 at 2014-11-18 20:40:23
cDNA稀释是因为我要做半定量,是说退火温度要比合成单上面的低5°吧!,我今天也在想这个基因到底在我取得材料里面有表达吗?后来我和别人讨论了,应该有表达了的,只是表达量的问题!酶的话我刚开始都是用的新的! ...

刚才又做了个温度梯度(52~63°,引物合成单上给出的Tm数值是57.3和59.3),是用没有稀释的cDNA作为模板P的,出现了目的条带,不过是我做半定量的目的条带!在500~750之间!大约是600多!我只用了28个循环,有引物二聚体,目的条带不是很亮!请问我该怎么优化体系呢?给点建议吧!谢谢
15楼2014-11-19 15:11:23
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zhaodahe

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-11-18 22:50:50
你退火温度都用了多少温度的范围?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2014-11-18 18:11:54
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guoliwang

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-11-18 22:50:58
如果改变退火温度和其它条件都无效,也许需要换引物。不过觉得你循环数有点多,25到28应该就够了,循环数再多,产物也增加不了太多。模板一般加50ng(0.5ul左右)就不少了,你质粒什么浓度?你可以把模板质粒跑电泳估测浓度,Abs260对过高和过低浓度不准。引物是10uM的吧?别和100uM搞混。还有如果只是一个反应的话,可以把反应体系增加到50ul,否则蒸发一点,再挂壁一点,对反应体系影响大,而且体积太小不好加样,另外产物量也增加了。为获得更多PCR产物,我的经验是增加反应体积比过高提高循环数好。
慎思明辨博学笃行
3楼2014-11-18 18:40:27
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劳龙宝

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaodahe at 2014-11-18 18:11:54
你退火温度都用了多少温度的范围?

合成的引物上面给出的温度一个是52.3°,一个是53.3°,我做的温度梯度是50~56°
4楼2014-11-18 18:41:34
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