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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 紧急求助气液界面对称模型提取径向分布函数不趋近于1如何处理
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jijing1990

金虫 (小有名气)

[求助] 紧急求助气液界面对称模型提取径向分布函数不趋近于1如何处理 已有2人参与

Shiling Yuan等人在《Molecular Dynamic Study of Alkyl Benzene Sulfonate at Air/Water Interface: Effect of Inorganic Salts》(http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp907438x)
一文中提取的头基和离子以及头基和水分子的径向分布函数均趋近于1，但我采用MS软件建立气液界面对称模型提取的两种径向分布函数都是趋近于2的，这个要怎么处理，是否有其它文献也获得这样的结果，或是要对函数径向归一化，具体如何操作？

紧急求助气液界面对称模型提取径向分布函数不趋近于1如何处理
QQ截图20141113155350.png

[ Last edited by abinitio on 2014-11-13 at 17:01 ]
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1楼 2014-11-13 15:56:17
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abinitio

版主 (著名写手)
是ms软件中的模块计算rdf所得到的结果趋近于2吗？？
感觉这是不可能发生的事情。
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2楼2014-11-13 17:08:05
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jijing1990

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2014-11-13 17:08:05
是ms软件中的模块计算rdf所得到的结果趋近于2吗？？
感觉这是不可能发生的事情。

我算完了确实是趋近于2的
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3楼2014-11-13 19:42:01
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jijing1990: 金币+10, ★有帮助 2014-12-04 09:59:39
关键是你要弄明白自己在“统计配对”时是否有遗漏或重复，要是有遗漏的话要通过归一化方法处理，要是重复统计那就要把多余通过归一化方法剔除，关键是自己要理解其意义，能够进行合理的分析，理论上讲要归一，但是有些文献不做这样的处理，关键是自己要给出合理的解释——物理意义。
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4楼2014-11-13 20:49:36
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jijing1990

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by chuntao118 at 2014-11-13 20:49:36
关键是你要弄明白自己在“统计配对”时是否有遗漏或重复，要是有遗漏的话要通过归一化方法处理，要是重复统计那就要把多余通过归一化方法剔除，关键是自己要理解其意义，能够进行合理的分析，理论上讲要归一，但是有 ...

不是很明白，统计配对是不是就是set的设定，这里是做的表面活性剂/水/表面活性剂的对称模型。在设定set时，是把所有的头基和水分子都选定了，算是重复统计吗，归一化要怎么处理呢
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5楼2014-11-13 21:28:55
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jijing1990: 金币+10, ★有帮助 2014-12-04 09:59:59
气－液界面是一个anisotropic的体系，这种情况下三维的rdf的归一化会跟isotropic的体系不一样，一般需要自己编程进行处理，我估计MS中计算rdf的模块只是针对isotropic的体系，所以得到的rdf在远距离处会不为1.
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6楼2014-11-14 01:38:47
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
从你的图来看，貌似是趋近于1的呀
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7楼2014-11-16 17:25:36
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jijing1990

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-11-16 17:25:36
从你的图来看，貌似是趋近于1的呀

给的图不是我做的，是文献中的，我只是用来举例用的，我做的是趋近于2的。
紧急求助气液界面对称模型提取径向分布函数不趋近于1如何处理-1
QQ截图20141117110700.png
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18245693565
8楼2014-11-17 11:07:40
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18245693565

铁虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by jijing1990 at 2014-11-17 11:07:40
给的图不是我做的，是文献中的，我只是用来举例用的，我做的是趋近于2的。

QQ截图20141117110700.png
...

楼主，请问问题解决了吗？

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9楼2017-06-20 21:53:22
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