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Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】请问VMD中氢键如何统计已有8人参与

VMD虽然自带了氢键的分析,但是具体不知道如何操作
一些参数设置尤其是selection部分
另外我是导入的LAMMPS的DUMP文件,不是由VMD建模,不知道这个有没有影响
请教各位,谢谢。

---------
补充,上传了dump文件,导入VMD后的图片如下
【求助】请问VMD中氢键如何统计


这是冰的结构,selection1部分填的name 2 1,按理说应该有的,但是氢键分析里找不到……

【求助】请问VMD中氢键如何统计-1[ Last edited by Luv_XiaoMian on 2014-11-28 at 11:20 ]
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Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
10楼: Originally posted by gn02530640 at 2014-11-27 10:23:46
又或者您要不要把lammps的data传上来? 但我不没有把握就是了,最近时间也比较赶可能暂时没办法给您答复,但或许还有其他热心的虫友愿意帮忙。

您好,最近有空帮我看看吗,还是没弄出来
12楼2014-12-05 22:57:05
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查看全部 19 个回答

Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)

额整个体系是都是水分子,LAMMPS的时候分别定义了TYPE 1 TYPE2,这个有影响吗?
但是选取的时候不论输1 2 还是 H O, 计算结果都一个都没有
2楼2014-11-12 09:31:01
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Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)

求指点,谢谢了!
3楼2014-11-13 22:38:44
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chuntao118

新虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
在水分子中,是根据氢键的键能作为标准进行统计的,可以参考《the art of molecular dynamics》第八章第四节。嘿嘿。至于软件我不知道。
4楼2014-11-14 16:30:14
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