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hajierlove

铜虫 (正式写手)

[求助] 请大神帮忙分析引物设计的是否合理? 已有4人参与

序列:
ATGGATGCTGATGCAGCTCTAGACCGGTGTGGAAAAGAGTTCAAAGTGGACATTTCCAGG
ATCAGCAGTTGTGCTGCCAGTGAGCACGGATCTGCTCTGCTGAAGAAACATGGAGACGAC
ACACACATCATAGAGCCCGGTTTCATTCCAACTATTATAGTAAATAATTCCAAAGACAAT
CAACCAGCTTTACTCAAAAACTTCCTCCTAGAAGTATATGACATAACAAATTGTGAGAAC
GGCGTGTTCAAGGACGACCAGAAGCTCAAGTGCTACATGTTCTGTCTGCTAGAGGAGGCC
AGTGTTGCTGATGAGAACGGCGTAGTAGACTACGAAATGATGATCAGCTTGATACCCGAG
GACTATACAGAAAGAGTTTCAAAAATGATAATGGCCTGCAAACATCTAGATACACCAGAT
AAGGATAAATGCCAAAGGGCGTTCGATGTTCATAAGTGTTCTTATGAAAAGGATCCAGAC
ATACTTACTGAGTACTAA
扩全长
F'ATGGATGCTGATGCAGC
R'GTACTCAGTAAGTATGTCTGGATCCTTT
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踏实
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hajierlove

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by Pschanhui at 2014-11-12 01:42:14
我在扩全长的时候的引物tm不算酶切位点个保护碱基

我记得之前看过说酶切位点加保护碱基不属于有效Tm值,可是,酶切位点和保护碱基也是你pcr出来的,不解?可否解释一下
踏实
10楼2014-11-12 09:03:19
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wangranjun

荣誉版主 (知名作家)

广庭之惘然

优秀版主

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-11-12 11:22:07
似乎是可行的,具体可以看一下Tm值。你没有设计酶切位点?
他日扬翼九万里,历大千世界,定我红尘心!
2楼2014-11-11 17:16:49
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hajierlove

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wangranjun at 2014-11-11 17:16:49
似乎是可行的,具体可以看一下Tm值。你没有设计酶切位点?

首先,十分感动你帮我分析,有酶切位点,保护碱基,并且特异性对比,也没有问题,但是pcr就是没有目的片段,只有弱弱的引物二聚体,用的ex-taq酶,求指点
踏实
3楼2014-11-11 18:17:29
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wangranjun

荣誉版主 (知名作家)

广庭之惘然

优秀版主

【答案】应助回帖


kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-11-12 11:22:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by hajierlove at 2014-11-11 18:17:29
首先,十分感动你帮我分析,有酶切位点,保护碱基,并且特异性对比,也没有问题,但是pcr就是没有目的片段,只有弱弱的引物二聚体,用的ex-taq酶,求指点...

那应该是复性温度不合适,一般我们选择Tm值低5℃作为复性温度……温度不合适就会有二聚体的,你可以试一个温度梯度
他日扬翼九万里,历大千世界,定我红尘心!
4楼2014-11-11 18:44:25
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