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木头珊瑚

新虫 (初入文坛)

[求助] 新手求助,需要用autodock做分子模拟、对接,求文件前期准备操作及资源 已有1人参与

需要用autodock模拟大分子构象,以及与小分子的对接,但是在准备文件过程中,有一个prodrg2 server 难住我了,不知道这是什么,也不知道从哪弄来,还有PDB伤下载来的大分子PDB文件,我用写字板打开的,很多很多字,但不像乱码,不知道能不能用,也不知道该先怎么处理,现在是一片浆糊啊,求大神
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)


下载Python语言包,下载MGTOOLS,然后分别安装,按照教程来自学一下,很快搞定
6楼2014-11-05 21:54:17
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查看全部 8 个回答

916756502

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
木头珊瑚: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-10-30 04:42:19
我也是新手,你去下载个Ultraedit吧,看pdb和psf挺好的。我觉得你做对接看中文AUTODOCK就很好,我把文件传给你,你看看吧,我做的糖和蛋白质的,结果挺好的,倒是没看到过你说的那个文件。

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  • 附件 1 : AutoDock&ADT教程.7z
  • 2014-10-29 10:06:51, 6.43 M
2楼2014-10-29 10:05:53
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ivan000

木虫 (正式写手)

我之前用discovery studio看pdb文件,还能做一些预处理   
不过,后来在Autodock上设置总有问题,最后就放弃了……

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-10-30 00:23:31
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吴丰旭

金虫 (小有名气)

附上教程  对着教程搞就好了!

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  • 附件 1 : autodocktutorial2.pdf
  • 2014-10-30 11:09:51, 1.36 M
4楼2014-10-30 11:10:19
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