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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 新手求助，需要用autodock做分子模拟、对接，求文件前期准备操作及资源
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木头珊瑚

新虫 (初入文坛)

[求助] 新手求助，需要用autodock做分子模拟、对接，求文件前期准备操作及资源 已有1人参与

需要用autodock模拟大分子构象，以及与小分子的对接，但是在准备文件过程中，有一个prodrg2 server 难住我了，不知道这是什么，也不知道从哪弄来，还有PDB伤下载来的大分子PDB文件，我用写字板打开的，很多很多字，但不像乱码，不知道能不能用，也不知道该先怎么处理，现在是一片浆糊啊，求大神
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1楼 2014-10-29 05:42:29
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916756502

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
木头珊瑚: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-10-30 04:42:19
我也是新手，你去下载个Ultraedit吧，看pdb和psf挺好的。我觉得你做对接看中文AUTODOCK就很好，我把文件传给你，你看看吧，我做的糖和蛋白质的，结果挺好的，倒是没看到过你说的那个文件。
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  • 附件 1 : AutoDock&ADT教程.7z
    • 2014-10-29 10:06:51, 6.43 M
2楼2014-10-29 10:05:53
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ivan000

木虫 (正式写手)
我之前用discovery studio看pdb文件，还能做一些预处理   
不过，后来在Autodock上设置总有问题，最后就放弃了……

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2014-10-30 00:23:31
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吴丰旭

金虫 (小有名气)
附上教程  对着教程搞就好了！
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  • 附件 1 : autodocktutorial2.pdf
    • 2014-10-30 11:09:51, 1.36 M
4楼2014-10-30 11:10:19
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戴世杰
顶

[ 发自小木虫客户端 ]
5楼2014-11-02 09:59:46
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)
下载Python语言包，下载MGTOOLS，然后分别安装，按照教程来自学一下，很快搞定
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6楼2014-11-05 21:54:17
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chendi1991

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by autodockytu at 2014-11-05 21:54:17
下载Python语言包，下载MGTOOLS，然后分别安装，按照教程来自学一下，很快搞定

你好，这些软件我都装了，然后怎么弄呢？有没有什么教程啊？新手表示不会用。求教啊，多谢大神！
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7楼2015-02-22 14:56:14
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蓝洋飘雪

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 916756502 at 2014-10-29 10:05:53
我也是新手，你去下载个Ultraedit吧，看pdb和psf挺好的。我觉得你做对接看中文AUTODOCK就很好，我把文件传给你，你看看吧，我做的糖和蛋白质的，结果挺好的，倒是没看到过你说的那个文件。

我在做autodock时出现了问题，您能否帮我解答一下？
新手求助，需要用autodock做分子模拟、对接，求文件前期准备操作及资源
1.png


新手求助，需要用autodock做分子模拟、对接，求文件前期准备操作及资源-1
2.jpg
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人生如茶，不会苦一辈子，但会苦一阵子！
8楼2015-09-02 21:15:46
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