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cenwanglai荣誉版主 (知名作家)
老和山猥琐派九段
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分子动力学的结果：看系综平均还是看时间演进？ 已有3人参与
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最近在看分子动力学的计算文献，发现两类分析方法： 第一类：看snapshot. 按照分子动力学进程，观察原子局部运动变化情况，对总体的统计结果不予考虑； 第二类：分子动力学平衡后，分析统计结果。对时间演化的不同阶段不予考虑。 按照系综的观点，各态遍历的系纵平均等于宏观时间平均。那么，分子动力学结果的第一类分析是不是在原则上不符合分子动力学的要求呢？ |
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cenwanglai
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3楼2014-10-28 08:26:46
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
cenwanglai: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢回复~ 2014-10-28 08:17:33
感谢参与，应助指数 +1
cenwanglai: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢回复~ 2014-10-28 08:17:33
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和具体问题有关吧。比如你研究的是蛋白质折叠的速率这类和时间有关的问题，那可以采用第一种分析，比如你通过观察模拟轨迹发现某个蛋白的wildtype需要100ns来折叠，而它的一个mutant从20ns开始就折叠了，如果重复做几次模拟都能得到类似的结果的话我们就不妨推测这个mutant能加快蛋白质折叠。理论上说也可以用第二种分析，做很长的模拟然后统计fold/unfold两态的比例，但对于蛋白质折叠这类timescale很大的问题这样可能会太费时间（当然你可以做粗粒化模拟），做上几百个ns可能结果都还没有统计意义。而对于另外一些问题，比如用umbrella sampling计算蛋白质中某个二面角的旋转自由能势能面（PMF），就可以用统计方法（比如WHAM）而无需太多考虑体系构型随时间的演化--首先二面角旋转能垒通常不会太高，体系达到平衡后在不太长的时间里应该就能遍历数次，结果就有较大的统计意义；其次你的体系加了bias，看模拟轨迹也没有太大实际意义。 在下也是菜鸟，在此抛砖引玉～ |
2楼2014-10-28 07:06:10
agent99
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zsilence
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