| 查看: 1914 | 回复: 6 | ||||
cenwanglai荣誉版主 (知名作家)
老和山猥琐派九段
|
[求助]
分子动力学的结果：看系综平均还是看时间演进？ 已有3人参与
|
|
最近在看分子动力学的计算文献，发现两类分析方法： 第一类：看snapshot. 按照分子动力学进程，观察原子局部运动变化情况，对总体的统计结果不予考虑； 第二类：分子动力学平衡后，分析统计结果。对时间演化的不同阶段不予考虑。 按照系综的观点，各态遍历的系纵平均等于宏观时间平均。那么，分子动力学结果的第一类分析是不是在原则上不符合分子动力学的要求呢？ |
回复此楼» 猜你喜欢
重庆交大26年硕士生招生拟调剂通知已出！欢迎加入机器视觉与3D光学成像课题组。
已经有0人回复
-
**
已经有1人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有58人回复
-
0702一志愿吉大B区求调剂 本科期间发表一篇Sci
已经有3人回复
-
基底STO,薄膜SRO，XRD里面的振荡，是laue震荡还是kiessig振荡? 怎么判断？
已经有2人回复
-
B区学生调剂-兰州交通大学材料科学与工程学院
已经有11人回复
-
山西大同大学物理学专业还有调剂名额，欢迎调剂！
已经有12人回复
-
桂林理工大学物理学专业招收调剂
已经有12人回复
-
VASP 的一组 GPU / CPU 基准测试记录
已经有0人回复
-
美国顶级物理期刊《应用物理快报》（APL）的编辑欺骗和歧视作者及AIP的官僚主义傲慢
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于系综平均，这个公式是怎么来的？
已经有4人回复
- 分子动力学模拟的时间、体系大小和温度的争议问题！！
已经有23人回复
- 分子动力学模拟时间的意义？
已经有15人回复
- [求助]分子动力学模拟里的系综和温度计算
已经有6人回复
- 对接的分子用于分子动力学模拟的问题
已经有12人回复
- 分子动力学能量守恒的相关问题
已经有18人回复
- 请问，分子动力学模拟和分子力学模拟的区别是什么呢？
已经有7人回复
- MS 系综平均 分子动力学
已经有5人回复
- NPT系综动力学
已经有19人回复
- 分子动力学模拟中的系综问题
已经有5人回复
- 动力学计算过程：时间步长、步数一般设置为多少？
已经有10人回复
- 第一原理动力学的系综选择，和各种系综的输入文件Example
已经有13人回复
- 请教分子力学与分子动力学的区别
已经有14人回复
- 【求助】VASP做分子动力学模拟NVT系综下为啥内能竟然是升高的？
已经有8人回复
- 分子模拟时间越长越好吗？
已经有44人回复
- 【任务征集】VASP跑分子动力学数据处理方法
已经有20人回复
- 【讨论】系综问题
已经有32人回复
- 【求助】分子动力学模拟尺度问题？
已经有11人回复
- 【求助】分子动力学中体系温度不断增加?
已经有16人回复
- 【求助】请教分子动力学模拟
已经有8人回复
- 【原创】vasp的分子动力学模拟
已经有44人回复
agent99
禁虫 (正式写手)
物化程序猿
- 应助: 75 (初中生)
- 贵宾: 0.001
- 金币: 3630.7
- 散金: 70
- 红花: 8
- 沙发: 1
- 帖子: 392
- 在线: 177.5小时
- 虫号: 1247746
- 注册: 2011-03-28
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cenwanglai: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢回复~ 2014-10-28 08:17:33
感谢参与，应助指数 +1
cenwanglai: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢回复~ 2014-10-28 08:17:33
|
和具体问题有关吧。比如你研究的是蛋白质折叠的速率这类和时间有关的问题，那可以采用第一种分析，比如你通过观察模拟轨迹发现某个蛋白的wildtype需要100ns来折叠，而它的一个mutant从20ns开始就折叠了，如果重复做几次模拟都能得到类似的结果的话我们就不妨推测这个mutant能加快蛋白质折叠。理论上说也可以用第二种分析，做很长的模拟然后统计fold/unfold两态的比例，但对于蛋白质折叠这类timescale很大的问题这样可能会太费时间（当然你可以做粗粒化模拟），做上几百个ns可能结果都还没有统计意义。而对于另外一些问题，比如用umbrella sampling计算蛋白质中某个二面角的旋转自由能势能面（PMF），就可以用统计方法（比如WHAM）而无需太多考虑体系构型随时间的演化--首先二面角旋转能垒通常不会太高，体系达到平衡后在不太长的时间里应该就能遍历数次，结果就有较大的统计意义；其次你的体系加了bias，看模拟轨迹也没有太大实际意义。 在下也是菜鸟，在此抛砖引玉～ |
2楼2014-10-28 07:06:10
cenwanglai
荣誉版主 (知名作家)
老和山猥琐派九段
- 计算强帖: 4
- 应助: 46 (小学生)
- 贵宾: 8.842
- 金币: 7440.4
- 散金: 9654
- 红花: 118
- 沙发: 23
- 帖子: 5306
- 在线: 1961.4小时
- 虫号: 537452
- 注册: 2008-04-01
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 仿真模拟
3楼2014-10-28 08:26:46
agent99
禁虫 (正式写手)
物化程序猿
- 应助: 75 (初中生)
- 贵宾: 0.001
- 金币: 3630.7
- 散金: 70
- 红花: 8
- 沙发: 1
- 帖子: 392
- 在线: 177.5小时
- 虫号: 1247746
- 注册: 2011-03-28
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2014-10-29 01:24:59
zsilence
木虫 (正式写手)
- 应助: 34 (小学生)
- 金币: 4456.7
- 散金: 196
- 红花: 21
- 帖子: 846
- 在线: 705小时
- 虫号: 1734614
- 注册: 2012-04-03
- 性别: GG
- 专业: 力学
5楼2014-10-30 21:41:51
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
cenwanglai: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢回复~ 2014-11-02 08:40:13
cenwanglai: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢回复~ 2014-11-02 08:40:13
|
我觉得2楼举的例子挺好的，5楼说的也有一定道理。 MD最初就是基于ergodicity假设来计算系综平均的，所以原则上来讲只有平衡态下MD模拟求得的均值是符合系综理论的。 但现在很多MD模拟的对象就是从一个态到另一个态的随时间变化的演化，这是一个非平衡的过程。这样的过程在我看来更像是一种仿真模拟。我觉得5楼说的用这样的方式定性研究一个演化过程是可行的，但如果要定量的话，可能还有待商榷。因为我们用MD的算法模拟一个系统在相空间的一条轨迹，我们模拟出的轨迹和系统实际的轨迹是有误差的，这个误差会随着模拟时间的增加而不断增大。但如果模拟的time step选的不是很大，观察的时间不是太长，那么单条轨迹的误差不会太大。 现在在研究传热传质的模拟中已经用到了不少非平衡态MD的方法，具体的细节我不太了解，但既然算出来的数值在合理范围内，说明还是有效的。 还有一种对非平衡态演化的轨迹求平均的方法是Steered MD （SMD），这是一种基于Jarzynski Equality的计算自由能的非平衡态的方法，系统演化的初态和终态哈密顿量都是固定的，但中间演化的轨迹不一样，初始条件也不一样，这样对多条轨迹和每条轨迹对应的功求平均即可算出初态和终态的自由能差。 |
6楼2014-11-02 05:14:39
ChemiAndy
木虫 (正式写手)
- 计算强帖: 1
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 2573.3
- 散金: 18
- 红花: 104
- 帖子: 590
- 在线: 553.8小时
- 虫号: 836907
- 注册: 2009-08-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
7楼2014-11-07 11:04:25
20