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孙1986

金虫 (正式写手)

[交流] 寻找A+B反应过渡态，对于相同的关键词，A,B的相对位置改变，输出文件却有对，有错？

RT，这种情况合理么？
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临渊羡鱼，不如退而结网
1楼 2014-10-24 16:54:52
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G09QC

木虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
写的好抽象 ：）
你的意思是初始结构不同，结果不一样吗？这很合理。一个好的初始结构非常关键
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2楼2014-10-25 05:48:36
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mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)

蓝博士
blessing
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蓝精灵
3楼2014-10-25 07:39:26
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阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)
帮顶一下，不懂~~~~~~~~~~~~~
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自强不息，厚德载物；独立精神，自由思想。
4楼2014-10-25 07:56:29
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溪水永恒

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
孙1986: 金币+5 2014-11-18 10:21:17
完全正常，A 、B位置不同，在反应生成产物时，他们经历的反应路径也不同，所以。。。。
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5楼2014-11-13 12:31:25
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孙1986

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 溪水永恒 at 2014-11-13 12:31:25
完全正常，A 、B位置不同，在反应生成产物时，他们经历的反应路径也不同，所以。。。。

这位大侠，看来对相关方面的研究比较熟悉，我想再问个问题，在写输入文件时，对于两个分子的相对位置怎么放置？从高斯view里，直接把两个分子复制到一起就可以了么？还是参考一下两个分子的振动模式，考虑如何能更加容易形成过渡态，然后在放置两个分子？
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临渊羡鱼，不如退而结网
6楼2014-11-18 11:07:04
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孙1986

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by G09QC at 2014-10-25 05:48:36
写的好抽象 ：）
你的意思是初始结构不同，结果不一样吗？这很合理。一个好的初始结构非常关键

这位大侠，看来对相关方面的研究比较熟悉，我想再问个问题，在写输入文件时，对于两个分子的相对位置怎么放置？从高斯view里，直接把两个分子复制到一起就可以了么？还是参考一下两个分子的振动模式，考虑如何能更加容易形成过渡态，然后在放置两个分子？
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临渊羡鱼，不如退而结网
7楼2014-11-18 11:08:01
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溪水永恒

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 孙1986 at 2014-11-18 11:07:04
这位大侠，看来对相关方面的研究比较熟悉，我想再问个问题，在写输入文件时，对于两个分子的相对位置怎么放置？从高斯view里，直接把两个分子复制到一起就可以了么？还是参考一下两个分子的振动模式，考虑如何能更 ...

我也碰到这个问题，我也问了些人，他们说，对于A+B——C这种过渡态收索，一般是先把A、B优化，再把他们放在一起，对于他们间的距离呢，拉大点，一般距离达到键长的三四倍，他们间基本就没作用，相当于分子A、B放到了一起。如果你把A、B一起优化，那么他可能直接就到了C了。当然这种方法，是否可行，还真不知道，反正有人用此种方法，发过文章，SCI的。 至于他们拉开距离后，他们的具体位置怎样设置这就没定了，反正就是自己试，还有原子间的配对有关。多多试试，骚年，反正模拟不用花钱！！
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8楼2014-11-18 12:12:12
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