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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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sddtc888

至尊木虫 (著名写手)

Hψ=Eψ S=klnΩ dS≥δQ/T

[求助] 求助关于过渡态输入文件问题已有3人参与

我要找一个过渡态,输入文件如下,但是我一运行Guassian就报错:
Old curvilinear step not converged, using linear step:
SCX= 7.85D+00 DXMaxT= 1.77-317 SCLim= 0.00D+00 Fact= 0.00D+00
RedCar/ORedCr failed for GTrans.
Error termination via Lnk1e in /opt/g09/l101.exe at Tue Oct 21 21:39:44 2014.
Job cpu time:       0 days  0 hours  1 minutes 15.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

求助怎么办?是不是我初始结构没设置好?还有关于原子顺序必需一致,我已经做到一致了(我用gview分别画了初始结构和最后结构,原子序号和元素符号我都对好了的)

输入文件如下:

%nprocshared=8
%mem=8GB
%chk=mg4-h2-qst2.chk
#p opt(calcfc,qst2,maxcycle=2000) freq=noraman b3pw91/6-311+g(d,p) empiricaldispersion=gd3 scf(maxcycle=2000,conver=6) nosymm

mg4-h2-qst2

0 1
Mg                -2.91504837    1.26284766    1.92151075
Mg                -6.05287528    0.15350234    0.00000000
Mg                -2.91508887   -2.06530526    0.00000000
Mg                -2.91504837    1.26284766   -1.92151075
H                 -2.09425764   -4.95707567    0.32908968
H                 -1.73598875   -4.83041338   -0.32908968

mg4-h2-qst2

0 1
Mg                 1.12634400   -1.03183000   -0.98056000
Mg                 1.12757200    1.03115000    0.98044700
Mg                -1.12733800   -0.98027800    1.03142900
Mg                -1.12657400    0.98095100   -1.03131800
H                  2.44087300   -0.00116900   -0.00039100
H                 -2.44092400    0.00124900    0.00041300

@Civolf   
谢谢!!!!
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I can safely said that nobody understands the quantum theory. —— R. P. Feynman
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G09QC

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
sddtc888: 金币+200, ★★★★★最佳答案, 谢谢! 2014-10-25 13:52:22
该问题是由于反应物和产物的结构相差过大,无法产生合适的内坐标而引起的。
解决方法是添加合适的虚拟键,使得反应物和产物具有相同的connectivity,这样有助于程序产生合适的内坐标
另外,maxcycle=2000不推荐,通常不能解决问题,还浪费计算时间;DFT缺省freq=noraman,所以只需写freq

#p opt=(calcfc,qst2) freq b3pw91/6-311+g(d,p) nosymm geom=connectivity
empiricaldispersion=gd3

mg4-h2-qst2

0 1
Mg                -2.91504837    1.26284766    1.92151075
Mg                -6.05287528    0.15350234    0.00000000
Mg                -2.91508887   -2.06530526    0.00000000
Mg                -2.91504837    1.26284766   -1.92151075
H                 -2.09425764   -4.95707567    0.32908968
H                 -1.73598875   -4.83041338   -0.32908968

1 2 0.5 5 0.5 3 0.5 4 0.5
2 5 0.5 4 0.5
3 4 0.5 6 0.5
4 6 0.5
5 6 0.5
6

mg4-h2-qst2

0 1
Mg                 1.12634400   -1.03183000   -0.98056000
Mg                 1.12757200    1.03115000    0.98044700
Mg                -1.12733800   -0.98027800    1.03142900
Mg                -1.12657400    0.98095100   -1.03131800
H                  2.44087300   -0.00116900   -0.00039100
H                 -2.44092400    0.00124900    0.00041300

1 2 1.0 5 0.5 3 0.5
2 5 0.5 4 0.5 3 0.5
3 4 1.0 6 0.5
4 6 0.5
5 6 0.5
6
2楼2014-10-22 06:29:06
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
sddtc888: 金币+100, ★★★★★最佳答案, 谢谢! 2014-10-25 13:52:28
楼上的是一种方法,或者你猜一个大概的过渡态,用QST3。
我这里跑了一下高斯提示是需要3个结构,既让你用QST3。。。
3楼2014-10-22 07:40:41
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G09QC

木虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-10-21 18:40:41
楼上的是一种方法,或者你猜一个大概的过渡态,用QST3。
我这里跑了一下高斯提示是需要3个结构,既让你用QST3。。。

运行QST2不应该会提示需要QST3的,你是指
@Civolf   
这个吗?
4楼2014-10-22 07:56:54
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gauss98

禁虫 (正式写手)

感谢参与,应助指数 +1
本帖内容被屏蔽

5楼2014-10-22 08:27:15
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by G09QC at 2014-10-22 07:56:54
运行QST2不应该会提示需要QST3的,你是指
Civolf   
这个吗?...

你跑一下就知道了,我这里是直接报错说需要3个结构
我也看了一些帖子,有人反映如果反应物和产物结构相差较大的情况下QST3可以算,QST2就不行。
6楼2014-10-22 09:06:00
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G09QC

木虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-10-21 20:06:00
你跑一下就知道了,我这里是直接报错说需要3个结构
我也看了一些帖子,有人反映如果反应物和产物结构相差较大的情况下QST3可以算,QST2就不行。...

那就对了,你说的就是 “@Civolf”,楼主应该是希望Civolf这个ID给他回答吧
“@”在高斯中的意思就是在该处插入额外文件
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_input.htm
The contents of an external file may be included within a Gaussian 09 input file using the following syntax: @filename. This causes the entire file to be placed at the current location in the input stream. Appending /N to such commands will prevent the included file’s contents from being echoed at the start of the output file.
7楼2014-10-22 10:14:18
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G09QC

木虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by gauss98 at 2014-10-21 19:27:15
你确定算的东西都是化学上有意义的结构和反应么?

楼主算的应该是氢气在金属团簇的吸附,过渡态确实不直观
8楼2014-10-22 10:16:35
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sddtc888

至尊木虫 (著名写手)

Hψ=Eψ S=klnΩ dS≥δQ/T

引用回帖:
8楼: Originally posted by G09QC at 2014-10-22 10:16:35
楼主算的应该是氢气在金属团簇的吸附,过渡态确实不直观...

我按照您的方法,结果算出来了,你看一下对不对!

还有,我想问一下,有了log文件,怎么看过渡态的结构,还有,怎么从log文件中看过渡态的频率(主要想看看是不是只有一个虚频),还有,过渡态每一步的能量怎么从log文件中提取

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  • 附件 1 : mg4h2-qst2.log
  • 2014-10-23 14:01:39, 1.58 M
I can safely said that nobody understands the quantum theory. —— R. P. Feynman
9楼2014-10-23 14:01:13
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G09QC

木虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by sddtc888 at 2014-10-23 01:01:13
我按照您的方法,结果算出来了,你看一下对不对!

还有,我想问一下,有了log文件,怎么看过渡态的结构,还有,怎么从log文件中看过渡态的频率(主要想看看是不是只有一个虚频),还有,过渡态每一步的能量怎么 ...

下载不了,弹出迅雷广告。。。
结构可以用Gaussview打开,或者molden等。以Gaussview为例:
频率在Results-Vibrations里查看
要看每一步的话勾选”Read Intermediate Geometries (Gaussian Optimization Only)“,选择"Results-Optimization"可以看到每一步的能量。如果要保存所有能量,在图上点击右键,选择”Save Data“即可
10楼2014-10-25 05:36:42
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