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福建生猪

新虫 (初入文坛)

[求助] 病毒全基因组测序问题。。求大牛~~~ 已有4人参与

本人想对某一病毒进行基因组测序,已经过细胞培养分离病毒并鉴定,现在准备送测序。问题:
1.怎么把病毒的DNA从细胞培养液提取出来,采用常规的DNA提取试剂盒?
2.采用常规的dna提取试剂盒,这样的话是不是也把宿主(培养用的细胞)的DNA也提取出来,有什么方法可以减低宿主的污染?
3.提取出来的dna怎么鉴定纯度,以达高通量测序要求。
万分感谢!!!!
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soarrow

铁杆木虫 (正式写手)

酱油歪楼党

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 福建生猪 at 2014-10-29 10:24:39
楼主,再请教你一个问题。使用Bioanalyzer 2100分析,是不是看下相应的DNA大小的峰值,然后对DNA分布进行评估。还有有没有Bioanalyzer 2100使用说明书,具体的操作。谢谢~~~...

那就把俺的说明书给共享一下吧。

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8085514

10楼2014-10-29 12:55:46
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查看全部 15 个回答

soarrow

铁杆木虫 (正式写手)

酱油歪楼党

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 鼓励交流 2014-10-22 12:24:25
福建生猪: 金币+8, ★★★很有帮助 2014-10-23 11:01:10
DNA病毒还是RNA病毒?
根据病毒选择试剂盒,现在市场上用于NGS的病毒提取核酸试剂盒有不少,比如QIAGEN RNeasy Plus
这个可以降低来源于宿主或者样本中背景DNA信息,就是去除 gDNA。
另外还要注意去除核酸提取物中的 rRNA 序列。
纯度鉴定最常见就是运行Agilent Bioanalyzer 2100
3楼2014-10-22 11:20:44
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
福建生猪: 金币+1 2014-10-23 11:01:19
TIANGEN有提取病毒DNA的试剂盒。
4楼2014-10-23 08:52:30
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664183455

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
推荐Invitrogen的PURELINK VIRAL RNA/DNA KIT提取病毒DNA,
5楼2014-10-23 10:16:11
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