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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » NCBI下载细菌和古菌的基因组
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lougiven

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1楼2014-10-18 15:32:30
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
进入NCBI主页后，在All databases那里选择Genome，输入你需要下载的微生物拉丁名，出现查询结果后，点击其中一个条目进入，你会看到有个“Representative (genome information for reference and representative genomes)”，点击它左边的三角符号展开，会看到有个表格，在Type列是Chr的那行会有基因组序列号，点击序列号即可进入基因组的界面，默认是genbank格式，你可以选择fasta格式下载
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2楼2014-10-18 16:58:43
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
wizardfan: 金币+3, 有图有真相 2014-10-20 09:36:06
不明白的话可以看下面的截图：

NCBI下载细菌和古菌的基因组
NCBI下载细菌和古菌的基因组-1
NCBI下载细菌和古菌的基因组-2
NCBI下载细菌和古菌的基因组-3
NCBI下载细菌和古菌的基因组-4
NCBI下载细菌和古菌的基因组-5

不光是染色体基因组，有的还会提供质粒序列

其实也可以在IMG，JGI等数据库里找找微生物基因组下载
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3楼2014-10-18 17:09:05
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lougiven

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
4楼2014-10-19 14:19:42
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Bacteria/进去这个FTP后把页面拉到接近最下面，下载那些带“all”字样的，有不同的格式，选你要的格式下载就行，这个是细菌的。古生菌的找不到！
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5楼2014-10-19 23:09:01
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lougiven

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
6楼2014-10-20 12:43:13
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