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Devil_Jimmy

银虫 (小有名气)

[求助] RNA电泳图 , 大家帮忙分析下 , 问题出在哪里 ?已有4人参与

昨天提取的RNA ,完了跑了个电泳,结果不咋地,今天又重新跑了一次,结果跟昨天不一样了,希望跑过的达人们帮忙分析下,是什么原因导致这样的结果?
Trizol法提取RNA,用的枪头是买的RNase free的,而且经过高压灭菌的。电泳用的设备也用DEPC水清洗过了。
RNA用DEPC水20ul溶解后,取2ul加4ul的5×loading buffer  120V  20分钟左右。
接下来要合成cDNA第一链,完了做Real Time PCR  这样的RNA能不能继续进行下面的实验?

RNA电泳图 , 大家帮忙分析下 , 问题出在哪里 ?
今天的.jpg


RNA电泳图 , 大家帮忙分析下 , 问题出在哪里 ?-1
昨天下午的.jpg
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神外
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就会提核酸

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

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Devil_Jimmy(西门吹雪170代发): 金币+4, 鼓励回帖交流 2014-10-06 18:59:55
Devil_Jimmy: 金币+20, ★★★很有帮助 2014-10-06 22:32:29
不知是该抨击这家的 “TRIzol”,还是该批评你的操作手法,导致最后的 RNA 有如此多的 DNA 残留。
无法回答这样的 RNA 是否可以做你最关心的后续实验,因为即使你的引物设计使你不怕 DNA 残留,纯度怎样,以及其它的可能影响后续实验的问题,都只有你自己知道。
就 TRIzol 抽提 RNA 的操作,如果出现了过量的 DNA 残留,一定同时会导致其它东西 - 包括蛋白,苯酚,盐 - 的残留增加。
我的建议是:你首先要解决如何降低 DNA 残留问题,即使单纯的 DNA 残留对你的后续实验没有影响。当 DNA 残留降低到几乎看不见时,讨论其它问题才更有意义。
至于为什么第二天电泳,RNA 反而显得更漂亮,我的解释是:用非变性电泳方式电泳 RNA,RNA 的表现就像猫,你无法掌控。只要在 RNA 该出现的大概位置出现了荧光,或者更直接的讲,只要在溴酚蓝前面没有出现非常非常巨大的荧光,RNA 即使有降解,也不严重。
3楼2014-10-06 18:17:34
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普通回帖

fuchange918

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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Devil_Jimmy(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-10-06 18:58:25
Devil_Jimmy: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2014-10-06 22:29:10
不能荧光定量吧,从胶上看DNA、蛋白质或多糖等污染相当严重。楼主是不是在氯仿抽提那一步吸取上清的时候太贪多了,这一步不要贪多,宁缺毋滥(或者是用氯仿抽屉两次也可以,第二遍时上清与氯仿等体积)。还有楼主最后溶解RNA的时候是不是有很多不溶物质?如果是,应该是多糖污染严重。
2楼2014-10-06 17:48:19
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LI斯

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 就会提核酸 at 2014-10-06 18:17:34
不知是该抨击这家的 “TRIzol”,还是该批评你的操作手法,导致最后的 RNA 有如此多的 DNA 残留。
无法回答这样的 RNA 是否可以做你最关心的后续实验,因为即使你的引物设计使你不怕 DNA 残留,纯度怎样,以及其它 ...

有五条带是因为同时有DNA和蛋白质是吗??如果把DNA和蛋白质都除掉了这个能不能做荧光定量我是超级新手
呵呵
4楼2014-10-06 21:04:05
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biot

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-10-06 22:37:43
RNA的纯度很低,不适合做定量。建议重提,让条带清晰,没有污染,操作要注意啊!同意楼上的详细解释

[ 发自小木虫客户端 ]
扬帆起航!
5楼2014-10-06 22:11:30
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fanwq258

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
DNA太多了,下次除一下DNA吧,这个。。定量是没法做的
要么好好活,要么死,拒绝半死不活
6楼2014-10-06 22:30:12
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fanwq258

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
Devil_Jimmy: 金币+5, 有帮助 2014-10-07 09:45:03
按说trizol一般不会提出这么多DNA的啊,你这个。。。
要么好好活,要么死,拒绝半死不活
7楼2014-10-06 22:31:25
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Devil_Jimmy

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fuchange918 at 2014-10-06 17:48:19
不能荧光定量吧,从胶上看DNA、蛋白质或多糖等污染相当严重。楼主是不是在氯仿抽提那一步吸取上清的时候太贪多了,这一步不要贪多,宁缺毋滥(或者是用氯仿抽屉两次也可以,第二遍时上清与氯仿等体积)。还有楼主最 ...

感谢回复  我下次吸取上清时尽量小心  另外再按你说的  第一步提两次试试效果
神外
8楼2014-10-06 22:31:56
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Devil_Jimmy

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 就会提核酸 at 2014-10-06 18:17:34
不知是该抨击这家的 “TRIzol”,还是该批评你的操作手法,导致最后的 RNA 有如此多的 DNA 残留。
无法回答这样的 RNA 是否可以做你最关心的后续实验,因为即使你的引物设计使你不怕 DNA 残留,纯度怎样,以及其它 ...

感谢帮忙分析  Trizol是invitrogen的  照说是没问题的  必然是我操作的问题了  呵呵 我再继续练习吧 至少知道了可能存在的问题
神外
9楼2014-10-06 22:36:39
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就会提核酸

铜虫 (初入文坛)


Devil_Jimmy(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-10-07 18:32:25
引用回帖:
4楼: Originally posted by LI斯 at 2014-10-06 21:04:05
有五条带是因为同时有DNA和蛋白质是吗??如果把DNA和蛋白质都除掉了这个能不能做荧光定量我是超级新手...

只有 4 条带,最下面的是加样孔。其亮度比较重,可推断含蛋白+DNA。用 TRIzol 抽提 RNA,如果 DNA 残留很少,一般纯度都会比较高的,直接往下做应该受到鼓励,尽管先鼓励测一下纯度。
10楼2014-10-07 00:07:12
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