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清风明月P6

铜虫 (初入文坛)

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专业: 高分子材料的加工与成型

[求助] 求一个LAMMPS里面聚合物适用的拉伸in文件

最近在做拉伸模拟。自己尝试着写了一个in文件，但是运行之后确得不到想要的结果。。。
我用聚乙烯做的测试，现在MS里面建好的模型，后来到处转化为lammps文件
在论坛找了好久基本上都是金属的，求大神给个高分子可以用的吧。。谢谢了
下面是我的in文件，也不知道问题出在哪里。。附件是得到的输出文件
#------模拟环境初始化------
boundary p p p #边界周期性设定，周期、周期、自由非周期
units real       #模型单元模式设定为real
dimension 3    #几何维度设定为3D
atom_style full  #原子模式设定为full
neighbor 2.0 bin #设定neighbor截断半径-力场截断半径（类似MS中Buffer width）
neigh_modify every 1 delay 0 check yes

#------微观模型的建立------
#  定义原子结构
pair_style lj/class2/coul/cut 10.0 9.5 #airebo 3.0 1 0 lj/cut/coul/cut 10.0  #设定PCFF势函数的对势（类似MS中的Nonbond potential）信息：对势包含相互作用为范德华力和库仑力，范德华力和库仑力截断半径（类似MS中Cutoff distance）
bond_style  class2 #设定Compass势函数的键势
angle_style class2 #设定Compass势函数的角势
dihedral_style class2 #设定Compass势函数的两面角势
improper_style class2 #设定Compass势函数的两面角扭转势
read_data ../bench/20140924/PeDeform.lammps05

#------设置原子相关参数------
velocity all create 300 102486 rot yes dist &
         gaussian units box #设定所有原子的速率

#  能量优化

minimize 1.0e-7 0 1000000 1000000 #设置minimize，指定能量收敛值为1.0e-7、力矢量在坐标轴上的分量长度收敛值为0、最大迭代步数为1000000、计算力长度/能量的最大次数为1000000

#------动力学设置------

fix NPT all npt temp 300.0 300.0 100 iso 1.0 1.0 1000  #对整体设定npt系综，控温方法为Nose/Hoover，设定起始、终止温度和压力，衰减常数（温度一般取100倍timesteps，这里取100.0，压力一般取1000倍timesteps，这里取1000.0）

#拉伸模拟
reset_timestep 0
region 1 block INF INF INF INF INF 3 units box
group low region 1
region 2 block INF INF INF INF 72 INF units box
group up region 2
group boundary union low up
group mobile subtract all boundary
velocity up set 0 0 0.004
velocity low set 0 0 -0.004

#  动力学输出设置

thermo 1000          #每1000步输出一次热动力学信息（温度、能量、压力）
thermo_style custom step lx ly lz press pxx pyy pzz pe temp
thermo_modify lost warn    #检查丢失原子，显示警报
#fix myrelax all ave/time 1 1000 1000 c_lz c_pxx  ../bench/20140924/data/relax_gpc.dat1
timestep  1                #设定时间步长为1fs

dump  train1 all  xyz  1000  ../bench/20140924/g-PEc.xyz  #每1000步输出所有区间的dcd坐标，写入到g_PE_C.xyz文件中

run  100000             #运行10ps

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