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清风明月P6铜虫 (初入文坛)
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[求助]
求一个LAMMPS里面聚合物适用的拉伸in文件
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最近在做拉伸模拟。自己尝试着写了一个in文件，但是运行之后确得不到想要的结果。。。 我用聚乙烯做的测试，现在MS里面建好的模型，后来到处转化为lammps文件 在论坛找了好久基本上都是金属的，求大神给个高分子可以用的吧。。谢谢了 下面是我的in文件，也不知道问题出在哪里。。附件是得到的输出文件 #------模拟环境初始化------ boundary p p p #边界周期性设定，周期、周期、自由非周期 units real #模型单元模式设定为real dimension 3 #几何维度设定为3D atom_style full #原子模式设定为full neighbor 2.0 bin #设定neighbor截断半径-力场截断半径（类似MS中Buffer width） neigh_modify every 1 delay 0 check yes #------微观模型的建立------ # 定义原子结构 pair_style lj/class2/coul/cut 10.0 9.5 #airebo 3.0 1 0 lj/cut/coul/cut 10.0 #设定PCFF势函数的对势（类似MS中的Nonbond potential）信息：对势包含相互作用为范德华力和库仑力，范德华力和库仑力截断半径（类似MS中Cutoff distance） bond_style class2 #设定Compass势函数的键势 angle_style class2 #设定Compass势函数的角势 dihedral_style class2 #设定Compass势函数的两面角势 improper_style class2 #设定Compass势函数的两面角扭转势 read_data ../bench/20140924/PeDeform.lammps05 #------设置原子相关参数------ velocity all create 300 102486 rot yes dist & gaussian units box #设定所有原子的速率 # 能量优化 minimize 1.0e-7 0 1000000 1000000 #设置minimize，指定能量收敛值为1.0e-7、力矢量在坐标轴上的分量长度收敛值为0、最大迭代步数为1000000、计算力长度/能量的最大次数为1000000 #------动力学设置------ fix NPT all npt temp 300.0 300.0 100 iso 1.0 1.0 1000 #对整体设定npt系综，控温方法为Nose/Hoover，设定起始、终止温度和压力，衰减常数（温度一般取100倍timesteps，这里取100.0，压力一般取1000倍timesteps，这里取1000.0） #拉伸模拟 reset_timestep 0 region 1 block INF INF INF INF INF 3 units box group low region 1 region 2 block INF INF INF INF 72 INF units box group up region 2 group boundary union low up group mobile subtract all boundary velocity up set 0 0 0.004 velocity low set 0 0 -0.004 # 动力学输出设置 thermo 1000 #每1000步输出一次热动力学信息（温度、能量、压力） thermo_style custom step lx ly lz press pxx pyy pzz pe temp thermo_modify lost warn #检查丢失原子，显示警报 #fix myrelax all ave/time 1 1000 1000 c_lz c_pxx ../bench/20140924/data/relax_gpc.dat1 timestep 1 #设定时间步长为1fs dump train1 all xyz 1000 ../bench/20140924/g-PEc.xyz #每1000步输出所有区间的dcd坐标，写入到g_PE_C.xyz文件中 run 100000 #运行10ps |
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2014-09-28 17:19:56, 11.55 K
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南gege
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