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lylbiodiesel

铜虫 (小有名气)

[交流] 筛出一株相似度为90%的菌是不是新种 已有18人参与

在NCBI上blast就几个为90%剩下的全部为89%

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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山东
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lylbiodiesel

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
17楼: Originally posted by lgd19891003 at 2014-10-16 19:18:01
细菌分类中,相似性97%为种的界限,95%为属的界限,但是98%也可能是新种,基因比对晚不是全部,应该还需要进行其他项的鉴定,你的90%,我怀疑是不是你的比对有问题,相似性太低了,如果你克隆完比对是这样,那你很可 ...

是连接到质粒克隆测过的,在ncbi比对的,但是老师不让做它的研究,就放在那,让我做别的。

[ 发自小木虫客户端 ]
山东
18楼2014-10-16 19:32:33
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muji9908

铁虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
是细菌还是真菌?扩的是哪个基因?质粒中测得还是PCR产物测得?你blast的是全部数据库还是cultured的数据库?
2楼2014-09-29 08:42:20
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lylbiodiesel

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by muji9908 at 2014-09-29 07:42:20
是细菌还是真菌?扩的是哪个基因?质粒中测得还是PCR产物测得?你blast的是全部数据库还是cultured的数据库?

细菌,27f,1496r,PCR产物测过,连接到质粒克隆测过,我也不懂,我是环境工程专业,在NCBI上点blast后有点的microbe

[ 发自小木虫客户端 ]
山东
3楼2014-09-29 09:16:56
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xlMAR

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
估计要新属或以上了
95%以下有新属可能性了
4楼2014-09-29 11:48:51
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