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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 筛出一株相似度为90％的菌是不是新种
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lylbiodiesel

铜虫 (小有名气)

[交流] 筛出一株相似度为90％的菌是不是新种 已有18人参与

在NCBI上blast就几个为90％剩下的全部为89％

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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山东
1楼 2014-09-28 09:49:30
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lgd19891003

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
细菌分类中，相似性97%为种的界限，95%为属的界限，但是98%也可能是新种，基因比对晚不是全部，应该还需要进行其他项的鉴定，你的90%，我怀疑是不是你的比对有问题，相似性太低了，如果你克隆完比对是这样，那你很可能发现了分类级别很高的菌了。
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不懂就不懂，不能欺人，也不自欺
17楼2014-10-16 19:18:01
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muji9908

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
是细菌还是真菌？扩的是哪个基因？质粒中测得还是PCR产物测得？你blast的是全部数据库还是cultured的数据库？
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2楼2014-09-29 08:42:20
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lylbiodiesel

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by muji9908 at 2014-09-29 07:42:20
是细菌还是真菌？扩的是哪个基因？质粒中测得还是PCR产物测得？你blast的是全部数据库还是cultured的数据库？

细菌，27f，1496r，PCR产物测过，连接到质粒克隆测过，我也不懂，我是环境工程专业，在NCBI上点blast后有点的microbe

[ 发自小木虫客户端 ]
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山东
3楼2014-09-29 09:16:56
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xlMAR

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
估计要新属或以上了
95%以下有新属可能性了
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4楼2014-09-29 11:48:51
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