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hihe99银虫 (小有名气)
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[求助]
PCR产物测序重叠峰问题 已有3人参与
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我用相同的DNA做两次PCR，产物胶回收送测序，两个样品的测序结果都是后面形成双峰（图4），还是相同的位置，而且我看前面的相同位置也有重叠峰（图1-3），请问这是什么原因啊？该怎么解决，谢谢！PS CR用的酶是primerstar 1.jpg  2.jpg  3.jpg  4.jpg |
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huyan0817
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3楼2014-09-18 15:31:00
hihe99
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4楼2014-09-19 18:32:58
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gyesang: 金币+4, 鼓励回帖交流！ 2014-09-19 23:42:43
hihe99: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-09-26 10:50:50
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hihe99: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-09-26 10:50:50
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你这种情况推测可能是这个原因造成的：DNA的多态性，大家都知道，不同的品种基因组DNA会有差异的，类似SSR、SNP这样的分子标记就是因为不同品种间DNA存在差异，所以我推测你提取DNA的材料可能是杂交材料或者至少不是纯种，你拉取的这一段刚好存在序列差异，PCR拉出的产物自然就有两种类型了，测序出现重叠峰也就正常了，而且一定是出现在同一个地方。 建议：不要送PCR产物测序，将其克隆到载体上（如pMD-18T）再行测序，由于挑的是单菌落，不会出现重叠峰的，而且都测几个样，可以讲出现差异的序列各找出来，根据同源比对还可以找出样品可能的亲本来源。 个人意见，仅供参考 |
5楼2014-09-19 22:05:04
gyesang
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