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马纳纳0713

新虫 (初入文坛)

[求助] 克隆未知基因 已有3人参与

大家好! 我最近在做PCR,但是我有一个基因5‘端序列已知,3’端序列未知。现在提取物种RNA后已经反转录成cDNA,想请问大神们对于已知5‘端序列的基因该怎么办才可以得到完整基因?不想用RACE试剂盒那样麻烦。新手入门,请多多知指教!谢谢
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
其实,3'RACE并不麻烦,比5‘RACE简单多了,如果你基因不长的话,把outer、inner引物都设计在起始密码子前,这样直接就能得到全长编码区。真想偷懒,可以直接在5'端起始密码子前设计上游引物,搭配oligo dT引物进行扩增,碰运气吧,不过我不建议这样做,扩不出来还是得做RACE,还是稳扎稳打的来保险。
4楼2014-09-12 21:08:38
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查看全部 8 个回答

我欲乘风归去

木虫 (正式写手)

找几个相近物种的类似基因看一下比对序列,试试设计3端引物。
2楼2014-09-12 12:31:58
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huyan0817

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
楼主可以查询该物种相关基因序列信息或者文献(特别是高影响因子的英文文献)看看其他人3端引物怎么设计的!实在不行就只能比对同源序列尝试设计3端引物!!!
3楼2014-09-12 12:50:03
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liukun261

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+3, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-09-13 23:34:00
本帖内容被屏蔽

5楼2014-09-12 21:25:02
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