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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 克隆未知基因
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马纳纳0713

新虫 (初入文坛)

[求助] 克隆未知基因 已有3人参与

大家好! 我最近在做PCR，但是我有一个基因5‘端序列已知，3’端序列未知。现在提取物种RNA后已经反转录成cDNA，想请问大神们对于已知5‘端序列的基因该怎么办才可以得到完整基因？不想用RACE试剂盒那样麻烦。新手入门，请多多知指教！谢谢
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1楼 2014-09-12 10:44:02
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我欲乘风归去

木虫 (正式写手)
找几个相近物种的类似基因看一下比对序列，试试设计3端引物。
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。
2楼2014-09-12 12:31:58
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huyan0817

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主可以查询该物种相关基因序列信息或者文献(特别是高影响因子的英文文献)看看其他人3端引物怎么设计的!实在不行就只能比对同源序列尝试设计3端引物!!!
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3楼2014-09-12 12:50:03
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
其实，3'RACE并不麻烦，比5‘RACE简单多了，如果你基因不长的话，把outer、inner引物都设计在起始密码子前，这样直接就能得到全长编码区。真想偷懒，可以直接在5'端起始密码子前设计上游引物，搭配oligo dT引物进行扩增，碰运气吧，不过我不建议这样做，扩不出来还是得做RACE，还是稳扎稳打的来保险。
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4楼2014-09-12 21:08:38
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liukun261

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+3, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-09-13 23:34:00
本帖内容被屏蔽
5楼2014-09-12 21:25:02
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马纳纳0713

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by huyan0817 at 2014-09-12 12:50:03
楼主可以查询该物种相关基因序列信息或者文献(特别是高影响因子的英文文献)看看其他人3端引物怎么设计的!实在不行就只能比对同源序列尝试设计3端引物!!!

谢谢！
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6楼2014-09-15 17:08:34
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马纳纳0713

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by stone2239 at 2014-09-12 21:08:38
其实，3'RACE并不麻烦，比5‘RACE简单多了，如果你基因不长的话，把outer、inner引物都设计在起始密码子前，这样直接就能得到全长编码区。真想偷懒，可以直接在5'端起始密码子前设计上游引物，搭配oligo dT引物进行 ...

谢谢，受教了！
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7楼2014-09-15 17:08:51
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马纳纳0713

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by liukun261 at 2014-09-12 21:25:02
楼主好
1、我觉得既然你已经想到的要做RACE，那还不如接着就做下去，我个人建议你可以用用clontech的RACE试剂盒来做做，我们的很多基因用宝生物的试剂盒没做出来。但是用clontech的试剂盒就可以做出来。

2、clo ...

恩，我再试试看!谢谢！
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8楼2014-09-15 17:09:23
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