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ddwy

木虫 (小有名气)

[求助] HISTORY

大家好:
我用DL_POLY做模拟过程中遇见一个问题:CONTROL文件中明明写的是从第2000001步开始写HISTORY,每200步记录一次,写到第5000000步结束,正常情况下,HISTORY文件中一共要记录3000000步,也就是15000个snapshots,但是在HISTORY中却只记录了10548个,是怎么回事?下面是相应的CONTROL、HISTORY文件的主要部分:
temperature 298.15
# pressure 0.001  
ensemble nvt hoover  0.5

integrat velocity
steps 5000000
equilibration 2000000
mult  1
scale  5
stats 20
rdf            10
print rdf

traj 2000001 200 0

densvar 10

timestep 0.001
cutoff        17.5

ewald precision 1.0E-6

minimise energy 50 5.0E-03

shake 1.0E-4
mxshak  1000
quaternion tolerance  1.0E-05

job time       99999999999999.0
close time     200000.0

finish



HISTORY文件:

This is the title line. Change this at dl_field.control. Reads only 80 c
         0         1      5075                10548            107104394
timestep   2000001      5075 0 1            0.001000         2000.001000
       36.5411224570        0.0000000000        0.0000000000
        0.0000000000       36.5411224570        0.0000000000
        0.0000000000        0.0000000000       36.5411224570
n3               1   14.006700   -0.300000    0.001321
    -14.39204560        -7.129439892         6.655407644
hn               2    1.007970    0.330000    0.025434
    -13.71943858        -6.342743032         6.833563250
hn               3    1.007970    0.330000    0.012115
    -13.90251563        -8.029155915         6.825459467
hn               4    1.007970    0.330000    0.013617
    -15.16152579        -7.073129145         7.361173963
c1               5   12.011000    0.210000    0.006457
    -14.92887974        -6.947868975         5.279145164
h3               6    1.007970    0.100000    0.015502
    -15.51765202        -7.813452274         5.001153200
c3               7   12.011000   -0.270000    0.007139
    -15.81760489        -5.681052690         5.372765110
h1               8    1.007970    0.090000    0.031123
    -16.52371735        -5.607495283         4.492964758
h1               9    1.007970    0.090000    0.045888
    -16.58945209        -5.725914663         6.226788007
h1              10    1.007970    0.090000    0.055990
    -15.22617482        -4.803296129         5.430600240
c6              11   12.011000    0.340000    0.008470
    -13.85244286        -6.772854713         4.181272071
oc3             12   15.999400   -0.670000    0.003495
    -12.64690293        -6.612563759         4.513710555
oc3             13   15.999400   -0.670000    0.004525
    -14.19533041        -6.789528726         2.962201713
n3              14   14.006700   -0.300000    0.007100
     9.083714187         13.12434088         3.230931917
hn              15    1.007970    0.330000    0.015408
     9.799614544         13.85093581         3.004330322
hn              16    1.007970    0.330000    0.013673
     9.209553990         12.78405456         4.214747430
hn              17    1.007970    0.330000    0.011592
     8.123385047         13.54147225         3.109655461
c1              18   12.011000    0.210000    0.004365
     9.218579513         11.99469629         2.284462493
h3              19    1.007970    0.100000    0.013782
     10.00071147         11.32116123         2.636253965
c3              20   12.011000   -0.270000    0.004674
     7.854011719         11.28476128         2.251172830
h1              21    1.007970    0.090000    0.060129
     7.842466044         10.41942858         1.444509710
h1              22    1.007970    0.090000    0.068361
     7.608257112         10.87184244         3.169401447
h1              23    1.007970    0.090000    0.000650
     7.062671444         12.00666112         1.941293063
c6              24   12.011000    0.340000    0.003390
     9.547663706         12.45036844        0.8421650024
oc3             25   15.999400   -0.670000    0.003469




谢谢各位
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我喜欢收集微笑没有原因……
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nansh13

金虫 (正式写手)

猜想  你可以把jobtime放大    扩大100倍

另外    你是怎么分析输出文件的  比如  history   rdf   vaf  zdf的
苦心人天不负卧薪尝胆三千越甲可吞吴
2楼2014-09-22 16:27:55
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lanlinger13

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by nansh13 at 2014-09-22 16:27:55
猜想  你可以把jobtime放大    扩大100倍

另外    你是怎么分析输出文件的  比如  history   rdf   vaf  zdf的

dlpoly的GUI貌似可以分析这些的
3楼2014-11-27 10:29:05
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ddwy

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by nansh13 at 2014-09-22 16:27:55
猜想  你可以把jobtime放大    扩大100倍

另外    你是怎么分析输出文件的  比如  history   rdf   vaf  zdf的

HISTORY文件我们是提取溶液中溶质的结构,就是去掉水分子,还可以提取不同原子数目的团簇,以及存在时间最长的团簇,这些自己可以写一些小程序
我喜欢收集微笑没有原因……
4楼2014-11-28 09:20:50
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ddwy

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lanlinger13 at 2014-11-27 10:29:05
dlpoly的GUI貌似可以分析这些的...

嗯,我试着分析一下,谢谢
我喜欢收集微笑没有原因……
5楼2014-11-28 09:21:06
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