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hc42

木虫 (小有名气)

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[求助] 处理后基因出现了上调的原因解释已有1人参与

本人对材料进行处理后，进行了所要研究的基因表达量的分析，发现其在特定的时间点出现了显著上调，但对这些基因的启动子进行分析后发现的各种调控位点并没有与我的处理有明显对应的关系，因此从启动子角度很难解释处理后基因上调的原因。我现在有点思维定势，不知还可以从哪些角度来解释基因上调的原因，希望大家能够帮忙想想，谢谢了！

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1楼 2014-09-04 19:59:10

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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+4, 鼓励回帖交流！ 2014-09-04 23:49:42
hc42: 金币+10, ★★★很有帮助, 是的，你的分析正好是我想问的，由于暂时没有相关文献的支持，所以说不知道怎么分析，谢谢啦！ 2014-09-05 09:15:06

单从你的表述分析，你所谓的基因表达上调是指相关基因的mRNA水平增加了？于是你试图分析该mRNA增加是否是转录加强引起的。但目前为止让你有点失望，因为没有找到相关binding sites or response elements？

一种mRNA水平增高可以有多种原因引起，有时是综合几种原因的结果，你现在看的仅是一种，而且似乎限制死了。
没错，多数情况下是发生于转录水平，但即使是转录水平的调节也不一定就想象中的那么简单：你感兴趣的转录因子与你的靶基因上游启动子附近的增强子结合...，这世上简化了的情况。可能存在不同转录因子间的cross－talk，或者cofactor（coactivator、corepressor等）与转录因子的相互作用的结果，等等。

除了转录水平的调节外，还可以在转录后水平进行调节，如改变mRNA的稳定性（半衰期）等，甚至剪接加工成熟等环节，这是并不需要参与转录过程的诸多因子的参与。
...
可喜的是，你有了好的开始，祝你有更好的过程和结局！

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