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wali

铁杆木虫 (小有名气)

[交流] 探讨多核在生物信息分析中的应用

生物信息问题当前主要是通过软件设计在服务器上运行程序来计算实现的，生物信息中典型的问题主要是网络问题，字符串处理等，都是并行化处理的优势，
那么many-core（多核）问题能否在这其中发挥优势？通过优化体系结构、改进大规模数据的并行处理算法从而使得现在的处理模型提升更高的速度。
这只是一种设想，没有接触过这方面研究的，希望能多交流，如果有典型的文章恳请大家多介绍。

[ Last edited by wizardfan on 2014-8-22 at 09:22 ]
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1楼 2014-08-19 11:15:38
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DoRbIr

金虫 (正式写手)
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wali: 金币+1 2014-08-21 16:18:32
引用回帖:
12楼: Originally posted by goldxmc at 2014-08-20 20:15:08
什么是生物信息的本质问题？

感觉生物很不靠谱啊，一直没有找到专业的商业模式...

个人感觉是通过对遗传规律和物质组成提出一个普适的数学模型，分子生物学在此暂时划入遗传学。
生信有时候我觉得，就是学数学不好搞钱，然后发现生物还没有怎么涉及，现在有机会了，加上学生物的人普遍数学不好，好忽悠。于是，就提出各种模型，又觉得计算太麻烦了，就把学计算机的人拉进来一起忽悠。

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13楼2014-08-21 00:49:58
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普通回帖

xiaochong8693
★
wali: 金币+1 2014-08-19 14:13:40
祝福！祝福！祝福！祝福！祝福！祝福！祝福！
2楼2014-08-19 11:30:58
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匿名

用户注销 (文坛精英)

KOP
★
wali: 金币+1 2014-08-19 14:13:49
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3楼2014-08-19 11:44:46
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goldxmc

金虫 (文坛精英)
★
wali: 金币+1 2014-08-19 14:13:55
顶，顶，顶，blessing
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亚达西
4楼2014-08-19 12:16:50
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anlongstar

木虫 (文坛精英)
~~~~~~~~~~~
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5楼2014-08-19 12:33:29
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xixi16

新虫 (职业作家)
~~~~~~~~~~~
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6楼2014-08-19 12:54:12
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anlong138

金虫 (文坛精英)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
wali: 金币+1 2014-08-19 14:14:29
~~~~~~~~~~~祝福，~~~~~~~~~~~
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7楼2014-08-19 13:28:04
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lingfenghx

新虫 (正式写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
wali: 金币+5 2014-08-20 08:49:52
many-core应该是众核吧？

PS：不是专门做这块儿的，但我很确定有人已经在多核和众核平台上做这样的并行处理了。因为本质上，生物信息学里的字符串处理等问题都是计算机领域非常普遍的问题，而此类问题也已经在多核、众核平台上加速过不少了。
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8楼2014-08-19 19:04:19
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邱奇超
9楼2014-08-20 08:34:19
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DoRbIr

金虫 (正式写手)
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wali: 金币+5 2014-08-21 08:31:16
这不是生信的本质问题，这是计算机要解决的，他们把运算相关的软硬件做好了，咱们把模型、应用考虑好就好了。

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10楼2014-08-20 09:46:12
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