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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于编码区、CDS、开放阅读框的纠结
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lmc2537

铜虫 (小有名气)

[求助] 关于编码区、CDS、开放阅读框的纠结已有4人参与

查了网上的相关资料，但是没有解决本人的疑惑，这里向大家求助，谢谢！

1、编码区与CDS是同一个概念吗？因为编码区包含内含子和外显子，但是cds只包含起始密码到终止密码的序列，所以应该不是同一个概念吧？

2、CDS与开放阅读框的区别？查了网上的相关资料，但是仍旧有疑问，为什么CDS可以包括很多个开放阅读框？
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1楼2014-07-31 17:58:35
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usky_4

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-08-01 23:46:00
lmc2537: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-08-02 11:03:33
引用回帖:
12楼: Originally posted by lmc2537 at 2014-08-01 19:25:19
谢谢你的解答，那么CDS可包括多个ORF这句话怎么理解呢？因为按你所说ORF包括ATG和终止子，CDS也是包括ATG和终止子的，那么CDS为什么可以包括多个ORF?...

关于编码区、CDS、开放阅读框的纠结

图片来自wiki

图中序列为
ATGCAATGGGGAAATGTTACCAGGTCCGAACTTATTGAGGTAAGACAGATTTAA

假设这是某种基因的CDS。那么在这段序列中，由图所示，会出现三种始于ATG终于终止子的片段，由于这三种都有可能翻译成氨基酸，所以你可以说这段序列有三种可能的ORF。但是在基因中真正翻译出来的只有1，那么当你说这段基因的CDS的时候，只能是1.
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下次再见面的时候，我们一定会笑着相遇吧
13楼2014-08-01 20:36:56
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usky_4

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-08-01 23:46:20
引用回帖:
7楼: Originally posted by gyesang at 2014-08-01 14:46:36
实际上，CDS和ORF是一个意思
CDS可包括多个ORF这句话是错误的...

不。ORF不是CDS。

CDS的定义是对的，即CDS是已知的一个基因上确确实实翻译成蛋白质的区段。

ORF则是指，任意一段序列，只要起于ATG止于终止子，都可以叫做ORF。ORF是一种预测，而不是一种已知的翻译区。即随意写下一段DNA序列，只要以三个碱基为单位能找到ATG和终止子，就可以称作ORF，这段ORF甚至可能不是一段真正存在的DNA序列，但是它仍然是ORF。一段序列是可以有多个ORF的，只有当ORF符合已知的可翻译成蛋白的序列时，才能等同于CDS。
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10楼2014-08-01 18:13:06
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

Translator and Proofreader

【答案】应助回帖

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gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-08-03 01:09:41
10楼对ORF的解释是对的。

Definition:

A reading frame in a sequence of nucleotides in DNA that contains no termination codons and so can potentially translate as a polypeptide chain.
    Definition from: NCI Thesaurus via Unified Medical Language System at the National Library of Medicine

A reading frame that does not contain a nucleotide triplet which stops translation before formation of a complete polypeptide -- abbreviation ORF.
    Definition from: Merriam-Webster's Medical Dictionary by Merriam-Webster Inc.

An open reading frame is a portion of a DNA molecule that, when translated into amino acids, contains no stop codons. The genetic code reads DNA sequences in groups of three base pairs, which means that a double-stranded DNA molecule can read in any of six possible reading frames--three in the forward direction and three in the reverse. A long open reading frame is likely part of a gene.
    Definition from: Talking Glossary of Genetic Terms from the National Human Genome Research Institute

CDS:
The Coding Sequence (CDS) is the actual region of DNA that is translated to form proteins. the CDS refers to those nucleotides(concatenated exons) that can be divided into codons which are actually translated into amino acids by the ribosomal translation machinery.

ORF和CDS的比较：
CDS means only that the sequence is known to be transcribed and, therefore, it is coding for something -- neither gene nor protein has to be known. Any full mRNA sequence (obtained from cDNA sequencing) will have a full coding sequence. ORF is usually predicted based on DNA sequence and not proven to be transcribed.
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15楼2014-08-01 22:56:37
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lmc2537

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2014-07-31 19:39:00
1.编码区就是CDS！编码区是中文名，不含内含子，CDS是英文缩写，两者所指内容是一样的。mRNA是包含了起始密码子前和终止密码子后的序列的，估计你把编码区理解成mRNA了。
2.开放阅读框有点类似于外显子。

我的理解是基因包括编码区和非编码区，其中编码区包括内含子和外显子，也就是能够转录成hnRNA的部分，而CDS与编码区感觉不是同一个概念，编码区的概念应该比CDS更大，CDS为编码序列，即mRNA的中间部分，而编码区显然大于mRNA，所以编码区包含了编码序列。
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4楼2014-07-31 22:15:22
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

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lmc2537(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-08-01 10:32:22
1. 基因的编码区(Coding region），亦称为“编码序列”（Coding sequence）或“CDS”（Coding DNA Sequence），是指mRNA序列中编码蛋白质的那部分序列。
以上几个术语对应的是同一段序列，无论是在mRNA层面还是在含有内含子的DNA序列层面理解

2. CDS也等同于ORF（open reading frame）是编码蛋白质的序列，以ATG开始--终止密码子结束。
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3楼2014-07-31 20:17:26
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usky_4

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
13楼: Originally posted by usky_4 at 2014-08-01 20:36:56
图片来自wiki

图中序列为
ATGCAATGGGGAAATGTTACCAGGTCCGAACTTATTGAGGTAAGACAGATTTAA

假设这是某种基因的CDS。那么在这段序列中，由图所示，会出现三种始于ATG终于终止子的片段，由于这三种都有可能翻译 ...

还有一点忘了说，你说的CDS包含多个ORF是不严谨的说法。

虽然在大多数情况下，一段序列里越长的ORF越有可能是CDS，但并不是绝对的。如上所示，如果说2才是真正的CDS的话，那么你的CDS其实就只有一个ORF。因为1和3都不包含在2里面的。
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14楼2014-08-01 20:46:45
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-07-31 20:10:37
1.编码区就是CDS！编码区是中文名，不含内含子，CDS是英文缩写，两者所指内容是一样的。mRNA是包含了起始密码子前和终止密码子后的序列的，估计你把编码区理解成mRNA了。
2.开放阅读框有点类似于外显子。
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2楼2014-07-31 19:39:00
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lmc2537

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gyesang at 2014-07-31 20:17:26
1. 基因的编码区(Coding region），亦称为“编码序列”（Coding sequence）或“CDS”（Coding DNA Sequence），是指mRNA序列中编码蛋白质的那部分序列。
以上几个术语对应的是同一段序列，无论是在mRNA层面还是在含 ...

按照版主的说法的话，那么CDS可包括多个ORF这句话是错误的？
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5楼2014-07-31 22:17:09
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lmc2537 at 2014-07-31 22:15:22
我的理解是基因包括编码区和非编码区，其中编码区包括内含子和外显子，也就是能够转录成hnRNA的部分，而CDS与编码区感觉不是同一个概念，编码区的概念应该比CDS更大，CDS为编码序列，即mRNA的中间部分，而编码区显 ...

是你理解错了！编码区是能翻译蛋白的区段，不会有内含子。
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6楼2014-07-31 22:36:08
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gyesang

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优秀版主优秀版主
引用回帖:
5楼: Originally posted by lmc2537 at 2014-07-31 22:17:09
按照版主的说法的话，那么CDS可包括多个ORF这句话是错误的？...

实际上，CDS和ORF是一个意思
CDS可包括多个ORF这句话是错误的
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7楼2014-08-01 14:46:36
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lmc2537

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuderong at 2014-07-31 22:36:08
是你理解错了！编码区是能翻译蛋白的区段，不会有内含子。...

那么转录成hnRNA的这部分序列，在DNA上叫什么？
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8楼2014-08-01 16:15:49
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lmc2537 at 2014-08-01 16:15:49
那么转录成hnRNA的这部分序列，在DNA上叫什么？...

在起始密码子和终止密码子之间的序列，能翻译蛋白的就叫外显子，其他的是内含子。起始密码子前就是3‘-UTR，终止密码子后是5’-UTR。
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9楼2014-08-01 16:23:34
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