| 查看: 10486 | 回复: 19 | ||||
[求助]
关于编码区、CDS、开放阅读框的纠结 已有4人参与
|
||||
|
查了网上的相关资料，但是没有解决本人的疑惑，这里向大家求助，谢谢！ 1、编码区与CDS是同一个概念吗？因为编码区包含内含子和外显子，但是cds只包含起始密码到终止密码的序列，所以应该不是同一个概念吧？ 2、CDS与开放阅读框的区别？查了网上的相关资料，但是仍旧有疑问，为什么CDS可以包括很多个开放阅读框？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 实验求助 |
» 猜你喜欢
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有146人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
-
氢氧化钾活化操作
已经有18人回复
-
散金
已经有68人回复
-
生物质超级电容器
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于基因克隆和植物表达载体的一些问题
已经有1人回复
- 菜鸟，关于转录因子和转录起始位点的一些问题
已经有2人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-08-01 23:46:00
lmc2537: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-08-02 11:03:33
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-08-01 23:46:00
lmc2537: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-08-02 11:03:33
 图片来自wiki 图中序列为 ATGCAATGGGGAAATGTTACCAGGTCCGAACTTATTGAGGTAAGACAGATTTAA 假设这是某种基因的CDS。那么在这段序列中，由图所示，会出现三种始于ATG终于终止子的片段，由于这三种都有可能翻译成氨基酸，所以你可以说这段序列有三种可能的ORF。但是在基因中真正翻译出来的只有1，那么当你说这段基因的CDS的时候，只能是1. |
13楼2014-08-01 20:36:56
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-08-01 23:46:20
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-08-01 23:46:20
|
不。ORF不是CDS。 CDS的定义是对的，即CDS是已知的一个基因上确确实实翻译成蛋白质的区段。 ORF则是指，任意一段序列，只要起于ATG止于终止子，都可以叫做ORF。ORF是一种预测，而不是一种已知的翻译区。即随意写下一段DNA序列，只要以三个碱基为单位能找到ATG和终止子，就可以称作ORF，这段ORF甚至可能不是一段真正存在的DNA序列，但是它仍然是ORF。一段序列是可以有多个ORF的，只有当ORF符合已知的可翻译成蛋白的序列时，才能等同于CDS。 |
10楼2014-08-01 18:13:06
ssssllllnnnn 
至尊木虫 (知名作家)
Translator and Proofreader
- 应助: 452 (硕士)
- 金币: 31580.9
- 红花: 100
- 帖子: 7681
- 在线: 19966.6小时
- 虫号: 3328089
- 注册: 2014-07-17
- 专业: 肿瘤发生
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-08-03 01:09:41
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-08-03 01:09:41
|
10楼对ORF的解释是对的。 Definition: A reading frame in a sequence of nucleotides in DNA that contains no termination codons and so can potentially translate as a polypeptide chain. Definition from: NCI Thesaurus via Unified Medical Language System at the National Library of Medicine A reading frame that does not contain a nucleotide triplet which stops translation before formation of a complete polypeptide -- abbreviation ORF. Definition from: Merriam-Webster's Medical Dictionary by Merriam-Webster Inc. An open reading frame is a portion of a DNA molecule that, when translated into amino acids, contains no stop codons. The genetic code reads DNA sequences in groups of three base pairs, which means that a double-stranded DNA molecule can read in any of six possible reading frames--three in the forward direction and three in the reverse. A long open reading frame is likely part of a gene. Definition from: Talking Glossary of Genetic Terms from the National Human Genome Research Institute CDS: The Coding Sequence (CDS) is the actual region of DNA that is translated to form proteins. the CDS refers to those nucleotides(concatenated exons) that can be divided into codons which are actually translated into amino acids by the ribosomal translation machinery. ORF和CDS的比较： CDS means only that the sequence is known to be transcribed and, therefore, it is coding for something -- neither gene nor protein has to be known. Any full mRNA sequence (obtained from cDNA sequencing) will have a full coding sequence. ORF is usually predicted based on DNA sequence and not proven to be transcribed. |
15楼2014-08-01 22:56:37
4楼2014-07-31 22:15:22
gyesang
荣誉版主 (著名写手)
-
专家经验: +24 - MolEPI: 31
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 2.689
- 金币: 24338.9
- 散金: 1088
- 红花: 88
- 沙发: 2
- 帖子: 2327
- 在线: 623.1小时
- 虫号: 849017
- 注册: 2009-09-16
- 性别: GG
- 专业: 细胞信号转导
- 管辖: 分子生物
3楼2014-07-31 20:17:26
14楼2014-08-01 20:46:45
liuderong
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 310 (大学生)
- 金币: 8202.1
- 红花: 31
- 帖子: 582
- 在线: 142.1小时
- 虫号: 1882145
- 注册: 2012-07-07
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
2楼2014-07-31 19:39:00
5楼2014-07-31 22:17:09
liuderong
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 310 (大学生)
- 金币: 8202.1
- 红花: 31
- 帖子: 582
- 在线: 142.1小时
- 虫号: 1882145
- 注册: 2012-07-07
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
6楼2014-07-31 22:36:08
gyesang
荣誉版主 (著名写手)
-
专家经验: +24 - MolEPI: 31
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 2.689
- 金币: 24338.9
- 散金: 1088
- 红花: 88
- 沙发: 2
- 帖子: 2327
- 在线: 623.1小时
- 虫号: 849017
- 注册: 2009-09-16
- 性别: GG
- 专业: 细胞信号转导
- 管辖: 分子生物
7楼2014-08-01 14:46:36
8楼2014-08-01 16:15:49
liuderong
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 310 (大学生)
- 金币: 8202.1
- 红花: 31
- 帖子: 582
- 在线: 142.1小时
- 虫号: 1882145
- 注册: 2012-07-07
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
9楼2014-08-01 16:23:34
