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WSXP1104

新虫 (小有名气)

[求助] 研究肉中微生物多样性,肉DNA对后面高通量测序(细菌16S、真菌ITS1)有什么影响? 已有1人参与

并没有对肉中微生物进行分离培养,是直接提取肉中微生物的DNA,所提取的DNA一定含有肉的DNA。
测序公司说,这会使测序时很浪费,尽可能不要把肉的DNA提取出来。
难道就没有真菌特异性引物吗?
初学者,而且还是非分子生物学专业的,勿拍。
求指导。
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大爷给跪了

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


WSXP1104: 金币+1 2014-08-09 15:43:29
没人回我回你个吧
你测得都是在各个物种中都保守的序列,如果一起测,肯定要和猪的数据库比对去除猪的,才能是你要的细菌的。但是因为保守性,这个可能真不好操作。
个人看法,等高人回答。
3楼2014-08-05 14:44:39
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WSXP1104

新虫 (小有名气)

没人么?
自己顶顶。
2楼2014-08-01 07:51:22
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WSXP1104

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 大爷给跪了 at 2014-08-05 14:44:39
没人回我回你个吧
你测得都是在各个物种中都保守的序列,如果一起测,肯定要和猪的数据库比对去除猪的,才能是你要的细菌的。但是因为保守性,这个可能真不好操作。
个人看法,等高人回答。

我最近看到一篇文献,挺好的,PCR-SSCP-based reconstruction of the original fungal flora of heat-processed meat products  ————Samart Dorn-In a,⁎, Christina S. Hölzel a, Tobias Janke a, Karin Schwaiger,2013  International Journal of Food Microbiology   附件上传不了   
共勉



之前我一直问测序公司有没有只扩增真菌ITS1的特异性引物,她一直说没有,她说尽可能不要把肉的DNA提取出来,尽可能去除。思维就定在了怎么尽可能不把肉DNA提取出来,就没有想到换个思维,为什么就没有特异性引物呢?
4楼2014-08-09 15:51:24
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