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dqtianbin

禁虫 (正式写手)
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1楼 2014-07-25 21:05:14
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蜂鸟404

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by ssssllllnnnn at 2014-07-28 03:19:11
ChIP的主要用途是确定DNA结合蛋白（如转录因子等）是否与基因的某部位结合。以转录因子A举例说明：
转录因子A一定有许多受其调节的靶基因，假定你怀疑B基因可能是转录因子A的靶基因，那么你要回答的问题首先是A对 ...

多谢大神回答，受益匪浅，确实如你所言，我现在确定要研究一个转录因子（细菌中的，可能调控了一些毒力基因），现在想找它所直接调控的基因，于是我想到了共沉淀然后高通量测序，可是后来因为抗体效果不好，背景太高，失败了，我想问一下，像我这种情况，不是用来验证而是去寻找下游直接调控基因的，有没有什么更有效的方法

[ 发自小木虫客户端 ]
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10楼2014-07-28 13:23:03
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

Translator and Proofreader

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+4, 鼓励回帖交流！ 2014-07-25 22:28:34
gyesang: 回帖置顶 2014-07-25 22:28:36
dqtianbin: 金币+5, ★★★很有帮助, 我们实验室在做一个类似的摸索，他们觉得CHIP太贵了，所以在3C基础上做一个比较便宜的实验，好像也能达到目的，但是一年过了一直没有成功，于是有阴影了。如您说，这个PULL DOWN的抗体看来很重要，自己做的抗体应该不行吧，要是没有商品化的怎么办 2014-07-26 09:13:12
试剂盒不试剂盒都不是问题。如果你对IP熟悉就更不是问题了。ChIP assay就是一个IP实验，完了之后做PCR。本实验的关键不是IP本身，而是对DNA的超声处理。只要这一步做的好，其他完全取决于所用抗体的好坏了。由于在ChIP前细胞做了cross－link处理，所以在超声时和普通细胞是不同的，具体要自己好好摸索一下：自己超声仪器功率的设定、超声时间、时间间隔、超声次数等等，还有细胞cross－link的时间等等，这些都与超声效果有关系。二后者直接决定了你后续ChIP的结果。当然在买抗体时如果可能最好买ChIP级别的，或者他人有成功使用者的。
祝好运！
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2楼2014-07-25 22:11:38
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

Translator and Proofreader

【答案】应助回帖

★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-07-26 17:00:44
自己做的抗体不一定就不行的，这个无法判断，只有做了才知道。
其实ChIP没有什么贵的，就是需要抗体。其他都是常规的东西。真的不需要试剂盒，无非几个缓冲液而已。再就是PCR，也无需要多少钱的。
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3楼2014-07-26 10:16:09
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dqtianbin

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
4楼2014-07-26 11:29:37
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