应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 基因组中扩增1.7k片段怎么都P不出来！！！
121/2返回列表12下一页
查看: 2783  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

huihuisdnu

新虫 (初入文坛)

[求助] 基因组中扩增1.7k片段怎么都P不出来！！！ 已有1人参与

最近从白念基因组上扩增一个约1.7k的片段（ORF1320bp+UTR376bp），前半段和后半段都能P出来，但是用两端引物扩增整个片段怎么都扩不出来，试过退火温度换过聚合酶也都P不出来，请大家帮忙看看问题出在哪，谢谢！

基因组中扩增1.7k片段怎么都P不出来！！！
2014-07-22-V4FL.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-07-22 14:36:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zhangyunjing

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 应助指数+1, 鼓励回帖交流！ 2014-07-22 18:18:16
两端引物的选择是否正确，一定选择正反向引物；另外，分析一下两端引物的Tm值，引物之间是否形成引物二聚体，Tm值的差别不能超过5℃
赞一下(2人) 回复此楼
rainwater
2楼2014-07-22 16:40:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

usky_4

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+3, 应助指数+1, 鼓励回帖交流 2014-07-22 20:43:23
1.7k应该很容易就能扩增出来。Extension的时间是否够长？不同聚合酶有不同的阅读速度。一般的酶都是1kbp/min左右。可以试着延长Extension时间。
你所扩增出来的前半段和后半段之间间隔有多少？如果间隔较长，可以查一下看看是不是这段序列会形成二级结构使得扩增无法进行。
500ng的模板浓度的确有点高，但应该不会是个问题，可以试着降低一下浓度。
退火温度可以做个梯度试试。
赞一下(1人) 回复此楼
下次再见面的时候，我们一定会笑着相遇吧
5楼2014-07-22 18:46:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

huihuisdnu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangyunjing at 2014-07-22 16:40:46
两端引物的选择是否正确，一定选择正反向引物；另外，分析一下两端引物的Tm值，引物之间是否形成引物二聚体，Tm值的差别不能超过5℃

引物选择没问题，这两个大引物Tm只差0.3度，也没有形成二聚体，各个引物自身也没有发夹结构，他们说有一种可能是模板浓度的问题，现在用的是25ul体系500ng gDNA，是不是太高了？可是前半段和后半段扩出来了
赞一下 回复此楼
3楼2014-07-22 17:06:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luwei13566

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by huihuisdnu at 2014-07-22 17:06:38
引物选择没问题，这两个大引物Tm只差0.3度，也没有形成二聚体，各个引物自身也没有发夹结构，他们说有一种可能是模板浓度的问题，现在用的是25ul体系500ng gDNA，是不是太高了？可是前半段和后半段扩出来了...

25ul 500ng确实高了。
赞一下 回复此楼
大家相互帮助哈
4楼2014-07-22 18:20:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huihuisdnu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by usky_4 at 2014-07-22 18:46:14
1.7k应该很容易就能扩增出来。Extension的时间是否够长？不同聚合酶有不同的阅读速度。一般的酶都是1kbp/min左右。可以试着延长Extension时间。
你所扩增出来的前半段和后半段之间间隔有多少？如果间隔较长，可以查 ...

用的是全式金的Pfu，延伸时间为1min20s，应该足够了呀！
前半段和后半段紧挨着，不存在二级结构的问题。
退火温度试过54、55、56、57、59都不行，引物合成报告单返回来的是57.6和57.9，我再试试吧。
非常感谢！
赞一下 回复此楼
6楼2014-07-22 19:08:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

usky_4

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by huihuisdnu at 2014-07-22 19:08:42
用的是全式金的Pfu，延伸时间为1min20s，应该足够了呀！
前半段和后半段紧挨着，不存在二级结构的问题。
退火温度试过54、55、56、57、59都不行，引物合成报告单返回来的是57.6和57.9，我再试试吧。
非常感谢！...

Pfu其实远不如Pfx好用，尤其你的片段GC富集的话。你可以试着把延伸时间延长到2min。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

huihuisdnu
下次再见面的时候，我们一定会笑着相遇吧
7楼2014-07-22 19:16:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huihuisdnu

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by usky_4 at 2014-07-22 19:16:35
Pfu其实远不如Pfx好用，尤其你的片段GC富集的话。你可以试着把延伸时间延长到2min。...

好的，谢谢啦
回复此楼
8楼2014-07-22 19:17:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangyunjing

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by huihuisdnu at 2014-07-22 17:06:38
引物选择没问题，这两个大引物Tm只差0.3度，也没有形成二聚体，各个引物自身也没有发夹结构，他们说有一种可能是模板浓度的问题，现在用的是25ul体系500ng gDNA，是不是太高了？可是前半段和后半段扩出来了...

gDNA浓度确实有点高，25 ul体系100 ng的量就够了，不过模板浓度高点也不至于扩增不出来，顶多有些非特异性扩增。
赞一下 回复此楼
rainwater
9楼2014-07-23 08:48:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

杨仔

铁虫 (初入文坛)
白色念球菌不是真核吗？基因组没有内含子吗？
赞一下 回复此楼
10楼2014-07-25 17:28:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 huihuisdnu 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 5/250 2026-08-08 21:54 by 13586093586
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 好奇怪的filecode +3 布布和一二 2026-08-08 4/200 2026-08-08 17:46 by zhanghaozhu
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 4/200 2026-08-08 17:27 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 4/200 2026-08-08 17:22 by oEVWOejN9taj
[论文投稿] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:47 by oEVWOejN9taj
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:22 by oEVWOejN9taj
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:02 by oEVWOejN9taj
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 6/300 2026-08-08 15:07 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +5 布布和一二 2026-08-08 8/400 2026-08-08 14:54 by archvillain
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 6/300 2026-08-08 14:42 by oEVWOejN9taj
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 6/300 2026-08-08 10:19 by 3OOjAIS77qg2
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 3/150 2026-08-08 03:47 by 6vVgjDL4CnGu
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +3 布布和一二 2026-08-07 3/150 2026-08-07 15:09 by gltch
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 8月时间戳变的，举个手。玩一下，释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 有没有H口的？有收到消息的吗？ +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭