应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 基因组中扩增1.7k片段怎么都P不出来！！！
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
121/2返回列表12下一页
查看: 2559  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

huihuisdnu

兑换贵宾

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[求助] 基因组中扩增1.7k片段怎么都P不出来！！！ 已有1人参与

最近从白念基因组上扩增一个约1.7k的片段（ORF1320bp+UTR376bp），前半段和后半段都能P出来，但是用两端引物扩增整个片段怎么都扩不出来，试过退火温度换过聚合酶也都P不出来，请大家帮忙看看问题出在哪，谢谢！

基因组中扩增1.7k片段怎么都P不出来！！！
2014-07-22-V4FL.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-07-22 14:36:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zhangyunjing

管理员

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 应助指数+1, 鼓励回帖交流！ 2014-07-22 18:18:16
两端引物的选择是否正确，一定选择正反向引物；另外，分析一下两端引物的Tm值，引物之间是否形成引物二聚体，Tm值的差别不能超过5℃
赞一下(2人) 回复此楼
rainwater
2楼2014-07-22 16:40:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

usky_4

兑换贵宾

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

【答案】应助回帖

★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+3, 应助指数+1, 鼓励回帖交流 2014-07-22 20:43:23
1.7k应该很容易就能扩增出来。Extension的时间是否够长？不同聚合酶有不同的阅读速度。一般的酶都是1kbp/min左右。可以试着延长Extension时间。
你所扩增出来的前半段和后半段之间间隔有多少？如果间隔较长，可以查一下看看是不是这段序列会形成二级结构使得扩增无法进行。
500ng的模板浓度的确有点高，但应该不会是个问题，可以试着降低一下浓度。
退火温度可以做个梯度试试。
赞一下(1人) 回复此楼
下次再见面的时候，我们一定会笑着相遇吧
5楼2014-07-22 18:46:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

huihuisdnu

专家顾问

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangyunjing at 2014-07-22 16:40:46
两端引物的选择是否正确，一定选择正反向引物；另外，分析一下两端引物的Tm值，引物之间是否形成引物二聚体，Tm值的差别不能超过5℃

引物选择没问题，这两个大引物Tm只差0.3度，也没有形成二聚体，各个引物自身也没有发夹结构，他们说有一种可能是模板浓度的问题，现在用的是25ul体系500ng gDNA，是不是太高了？可是前半段和后半段扩出来了
赞一下 回复此楼
3楼2014-07-22 17:06:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luwei13566

兑换贵宾

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
3楼: Originally posted by huihuisdnu at 2014-07-22 17:06:38
引物选择没问题，这两个大引物Tm只差0.3度，也没有形成二聚体，各个引物自身也没有发夹结构，他们说有一种可能是模板浓度的问题，现在用的是25ul体系500ng gDNA，是不是太高了？可是前半段和后半段扩出来了...

25ul 500ng确实高了。
赞一下 回复此楼
大家相互帮助哈
4楼2014-07-22 18:20:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huihuisdnu

专家顾问

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
5楼: Originally posted by usky_4 at 2014-07-22 18:46:14
1.7k应该很容易就能扩增出来。Extension的时间是否够长？不同聚合酶有不同的阅读速度。一般的酶都是1kbp/min左右。可以试着延长Extension时间。
你所扩增出来的前半段和后半段之间间隔有多少？如果间隔较长，可以查 ...

用的是全式金的Pfu，延伸时间为1min20s，应该足够了呀！
前半段和后半段紧挨着，不存在二级结构的问题。
退火温度试过54、55、56、57、59都不行，引物合成报告单返回来的是57.6和57.9，我再试试吧。
非常感谢！
赞一下 回复此楼
6楼2014-07-22 19:08:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

usky_4

专家顾问

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
6楼: Originally posted by huihuisdnu at 2014-07-22 19:08:42
用的是全式金的Pfu，延伸时间为1min20s，应该足够了呀！
前半段和后半段紧挨着，不存在二级结构的问题。
退火温度试过54、55、56、57、59都不行，引物合成报告单返回来的是57.6和57.9，我再试试吧。
非常感谢！...

Pfu其实远不如Pfx好用，尤其你的片段GC富集的话。你可以试着把延伸时间延长到2min。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

huihuisdnu
下次再见面的时候，我们一定会笑着相遇吧
7楼2014-07-22 19:16:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huihuisdnu

专家顾问

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by usky_4 at 2014-07-22 19:16:35
Pfu其实远不如Pfx好用，尤其你的片段GC富集的话。你可以试着把延伸时间延长到2min。...

好的，谢谢啦
回复此楼
8楼2014-07-22 19:17:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangyunjing

兑换贵宾

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
3楼: Originally posted by huihuisdnu at 2014-07-22 17:06:38
引物选择没问题，这两个大引物Tm只差0.3度，也没有形成二聚体，各个引物自身也没有发夹结构，他们说有一种可能是模板浓度的问题，现在用的是25ul体系500ng gDNA，是不是太高了？可是前半段和后半段扩出来了...

gDNA浓度确实有点高，25 ul体系100 ng的量就够了，不过模板浓度高点也不至于扩增不出来，顶多有些非特异性扩增。
赞一下 回复此楼
rainwater
9楼2014-07-23 08:48:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

杨仔

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
白色念球菌不是真核吗？基因组没有内含子吗？
赞一下 回复此楼
10楼2014-07-25 17:28:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 huihuisdnu 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 309求调剂 +6 gajsj 2026-03-25 7/350 2026-04-01 08:09 by yanflower7133
[考研] 301求调剂 +7 axibli 2026-04-01 7/350 2026-04-01 08:06 by 探123
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大） +3 相信必会光芒万� 2026-03-31 3/150 2026-04-01 02:16 by 小青椒26
[考研] 调剂 +4 好好读书。 2026-03-28 6/300 2026-03-31 20:35 by 好好读书。
[考研] 080200学硕，机械工程专业277分，求带走！ +4 瓶子PZ 2026-03-31 4/200 2026-03-31 20:16 by vgtyfty
[考研] 085602 307分 求调剂 +10 不知道叫什么！ 2026-03-26 10/500 2026-03-31 19:53 by Dyhoer
[考研] 340求调剂 +4 希望如此i 2026-03-31 4/200 2026-03-31 16:40 by 690616278
[考研] 求调剂 +4 研s. 2026-03-25 4/200 2026-03-31 10:05 by fmesaito
[考研] 370求调剂 +3 080700调剂 2026-03-30 3/150 2026-03-31 01:09 by A_Zhe
[考研] 英一数一408，总分284，二战真诚求调剂 +3 12.27 2026-03-30 5/250 2026-03-31 00:47 by 不吃芒果17
[考研] 285求调剂 +6 AZMK 2026-03-29 9/450 2026-03-30 21:02 by dophin1985
[考研] 105500药学求调剂，一志愿山东大学药学，348分 +3 gr哈哈哈 2026-03-28 3/150 2026-03-30 18:56 by 源_2020
[考研] 一志愿厦门大学材料工程专硕354找调剂！！！ +5 贝呗钡钡 2026-03-30 5/250 2026-03-30 18:16 by 无际的草原
[考研] 一志愿北京理工大学本科211材料工程294求调剂 +8 mikasa的围巾 2026-03-28 8/400 2026-03-29 12:48 by 无际的草原
[考研] 298求调剂 +4 种圣赐 2026-03-28 4/200 2026-03-29 08:42 by q1092522407
[硕博家园] 招收生物学/细胞生物学调剂 +4 IceGuo 2026-03-26 5/250 2026-03-29 01:25 by griffith2014
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +6 崔wj 2026-03-26 6/300 2026-03-29 01:11 by hanserlol
[考研] 求调剂 +7 争取九点睡 2026-03-28 8/400 2026-03-28 21:07 by 争取九点睡
[考研] 一志愿 南京邮电大学 288分 材料考研 求调剂 +3 jl0720 2026-03-26 3/150 2026-03-26 13:39 by zzll406
[考研] 材料专硕 335 分求调剂 +4 拒绝冷暴力 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:45 by haxia
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭