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不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的 已有2人参与
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模拟氯仿和水混溶体系的分离过程，打开模拟结束后的.xtd文档，然后通过Animation里面的Options选择不同时刻的frame，从.xtd图可以看出来不同时刻的分布是明显不同的，但是用concentration profile计算出来的不同时刻的相对浓度图却是一模一样的，这是怎么回事呀（附图） 初始.xtd图.png  结束.xtd图.png  相对浓度.png |
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用study table分析了不同时刻的相对浓度，初始的图像及相对浓度曲线以及结束的图像和相对浓度曲线（没有设定set）如下图所示。可以看出相对浓度曲线是不同的，但是感觉有两个问题：第一，relative concentration是按原子数来计算的（您已阐述），计算密度的时候用某distance处的*整个晶胞中分子密度，如果有两种物质，那么怎么区分哪段distance属于水哪段distance属于氯仿；第二，从结束时刻的图像可以看出水和氯仿分层比较明显，一边是水（正常密度是1g/cm3），一边是氯仿（正常密度是1.5g/cm3），但是用某distance处的局部密度=该distance处的relative concentration*整个晶胞中水分子密度来计算密度的时候，得不到正常的1g/cm3和1.5g/cm3（整个晶胞中水分子密度是0.5g/cm3，整个晶胞中氯仿分子密度是0.7g/cm3），您参考一下~  初始3D.png  初始Z轴相对浓度.png  结束3D图.png  结束Z轴相对浓度.png |
9楼2014-07-22 21:31:26
月只蓝
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4楼2014-07-20 12:41:34
