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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的 已有2人参与

模拟氯仿和水混溶体系的分离过程，打开模拟结束后的.xtd文档，然后通过Animation里面的Options选择不同时刻的frame，从.xtd图可以看出来不同时刻的分布是明显不同的，但是用concentration profile计算出来的不同时刻的相对浓度图却是一模一样的，这是怎么回事呀（附图）

不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的
初始.xtd图.png


不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-1
结束.xtd图.png


不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-2
相对浓度.png
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逆风奔跑。
1楼 2014-07-20 12:06:55
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你上面给出的第三张图是相对浓度图，这一张图仅仅是某一个frame的浓度，你要说不同时刻的浓度一样，应该至少给出两种不同时刻下的浓度图。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2014-07-20 12:10:07
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-20 12:10:07
你上面给出的第三张图是相对浓度图，这一张图仅仅是某一个frame的浓度，你要说不同时刻的浓度一样，应该至少给出两种不同时刻下的浓度图。

任意frame的相对浓度图都是和第三个图一样的
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逆风奔跑。
3楼2014-07-20 12:23:33
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-07-20 12:23:33
任意frame的相对浓度图都是和第三个图一样的...

你sets如何设置的？
给出两个时刻下相对浓度的std表格数据
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4楼2014-07-20 12:41:34
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-20 12:41:34
你sets如何设置的？
给出两个时刻下相对浓度的std表格数据...

sets没有设置哦，开始时刻和结束时刻的std表格数据是一模一样的，奇了怪了，图片里只截了Z轴方向上的。
不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-3
开始时刻.png


不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-4
结束时刻.png
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逆风奔跑。
5楼2014-07-20 20:32:28
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-07-20 20:32:28
sets没有设置哦，开始时刻和结束时刻的std表格数据是一模一样的，奇了怪了，图片里只截了Z轴方向上的。

开始时刻.png

结束时刻.png
...

因为只选择 (001)方向的数据，即z方向的。
就相对浓度的问题，咨询一下板块内专家的吧，我一时看不出哪里有问题。
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CQU_wjq
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6楼2014-07-20 22:18:12
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-20 22:18:12
因为只选择 (001)方向的数据，即z方向的。
就相对浓度的问题，咨询一下板块内专家的吧，我一时看不出哪里有问题。...

Thank you all the same~
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逆风奔跑。
7楼2014-07-20 22:27:36
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-22 18:49:18
分析不同时刻的性质，一般是把xtd导入到study table后，把首尾时刻的构型复制出来，分别测相对浓度，看看是不是有区别

animation我只用来看过动画
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CQU_wjq
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
8楼2014-07-21 08:49:27
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by pigrass at 2014-07-21 08:49:27
分析不同时刻的性质，一般是把xtd导入到study table后，把首尾时刻的构型复制出来，分别测相对浓度，看看是不是有区别

animation我只用来看过动画

用study table分析了不同时刻的相对浓度，初始的图像及相对浓度曲线以及结束的图像和相对浓度曲线（没有设定set）如下图所示。可以看出相对浓度曲线是不同的，但是感觉有两个问题：第一，relative concentration是按原子数来计算的（您已阐述），计算密度的时候用某distance处的*整个晶胞中分子密度，如果有两种物质，那么怎么区分哪段distance属于水哪段distance属于氯仿；第二，从结束时刻的图像可以看出水和氯仿分层比较明显，一边是水（正常密度是1g/cm3），一边是氯仿（正常密度是1.5g/cm3），但是用某distance处的局部密度=该distance处的relative concentration*整个晶胞中水分子密度来计算密度的时候，得不到正常的1g/cm3和1.5g/cm3（整个晶胞中水分子密度是0.5g/cm3，整个晶胞中氯仿分子密度是0.7g/cm3），您参考一下~
不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-5
初始3D.png


不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-6
初始Z轴相对浓度.png


不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-7
结束3D图.png


不同时刻的<concentration profile数据>为什么是一样的-8
结束Z轴相对浓度.png
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逆风奔跑。
9楼2014-07-22 21:31:26
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
9楼: Originally posted by CQU_wjq at 2014-07-22 21:31:26
用study table分析了不同时刻的相对浓度，初始的图像及相对浓度曲线以及结束的图像和相对浓度曲线（没有设定set）如下图所示。可以看出相对浓度曲线是不同的，但是感觉有两个问题：第一，relative concentration是 ...

初始时刻的图你要分别计算出水和氯仿的相对浓度与时间关系图，也就是要设定水set和氯仿set，最后两组数据放到excel或者其他软件处理

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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10楼2014-07-23 10:17:17
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