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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化图形可视化软件 » 加强版vaspmo (v0.3) ――可视化VASP分子轨道
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neweroica

木虫 (著名写手)
引用回帖:
92楼: Originally posted by haizhiwuyu at 2016-09-03 08:42:46
好遗憾，但仍然赞许你的工作！
...

很可能会用全新的思路和算法，得到更可靠的结果。
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101楼2016-12-03 02:23:16
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ssyexing

木虫 (小有名气)

★ 一星级,一般

请问楼主，我用vaspmo脚本处理PROCAR文件后 Molekel程序打开了*.g03文件，在界面的左下方properties框内已经显示原子和能带信息，但是界面上只有一个框框 原子什么的显示不出来 不知道是为什么呢，我的体系较大，Atoms：568
请问这个什么原因呢？谢谢大神

无标题.png
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108楼2017-03-24 08:50:44
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小龙斯坦

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

请问楼主现在程序能覆盖整个周期表了么
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112楼2017-06-01 23:47:36
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小龙斯坦

金虫 (小有名气)
覆盖全周期表也就是处理f轨道电子，换个赝势基组能不能解决问题，希望楼主坚持下去
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113楼2017-06-02 00:02:55
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rollingveau

新虫 (小有名气)
-1

发自小木虫Android客户端
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114楼2017-06-28 10:52:56
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rollingveau

新虫 (小有名气)

★ 一星级,一般

我导入molekel之后，算轨道，他提示我导入一个文件先，这个该怎
-2


-3



发自小木虫Android客户端
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115楼2017-06-28 10:55:20
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ifmc1234

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

如何加入晶格参数，显示出晶包框？
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116楼2017-07-29 10:32:25
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莼子辰日

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hakuna at 2014-07-11 05:04:05
顶一下，感谢分享！
还在使用0.1版，没想到已经两次更新了，非常感谢！

不好意思，打扰一下，第一个问题，我不是很能理解那个原子列表的问题
第二，我用Jmol操作到最后可视化的时候出现报错，说结构没有分子轨域的基底或参数资料可用
想知道是什么问题，求助，谢谢啦
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117楼2017-11-27 18:37:41
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莼子辰日

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hakuna at 2014-07-11 05:04:05
顶一下，感谢分享！
还在使用0.1版，没想到已经两次更新了，非常感谢！

不好意思，打扰一下，第一个问题，我不是很能理解那个原子列表的问题
第二，我用Jmol操作到最后可视化的时候出现报错，说结构没有分子轨域的基底或参数资料可用
想知道是什么问题，求助，谢谢啦
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118楼2017-11-27 18:38:05
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莼子辰日

新虫 (初入文坛)
王师兄：
不好意思，打扰一下，我用Jmol操作到最后可视化的时候出现报错，说结构没有分子轨域的基底或参数资料可用
想知道是什么问题，求助，谢谢啦
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119楼2017-11-27 18:51:18
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hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
117楼: Originally posted by 莼子辰日 at 2017-11-27 19:37:41
不好意思，打扰一下，第一个问题，我不是很能理解那个原子列表的问题
第二，我用Jmol操作到最后可视化的时候出现报错，说结构没有分子轨域的基底或参数资料可用
想知道是什么问题，求助，谢谢啦...

vaspmo转换后的绘图可以用chemcraft、mokel、Gaussview......没有说Jmol啊
用Jmol出错打开出错，可能1.没转化好；2.转化后的格式Jmol不认识。

列表问件格式，在readme里说的很清楚的
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120楼2017-11-28 19:50:13
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xiaosi208

木虫 (小有名气)
引用回帖:
20楼: Originally posted by neweroica at 2014-07-15 18:20:29
已经修正了这个bug，非常感谢！ 请重新下载附件： release_vaspmo_v0.31.tgz...

请问，这个能制定某几条能带吗？
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121楼2017-12-21 14:48:30
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不做伸手党

金虫 (小有名气)
引用回帖:
119楼: Originally posted by 莼子辰日 at 2017-11-27 18:51:18
王师兄：
不好意思，打扰一下，我用Jmol操作到最后可视化的时候出现报错，说结构没有分子轨域的基底或参数资料可用
想知道是什么问题，求助，谢谢啦

您好，请问一下子，你这个问题解决了么？我也碰到这个问题了，想请教一下子，谢谢啦
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127楼2018-12-21 10:18:50
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欧阳平平

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

MARK，值得学习。谢谢。
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128楼2019-03-13 21:20:47
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fengzhigu521

至尊木虫 (著名写手)
请问一下通过vaspmo -k all导出的vaspmo_k001.out文件中的molecular orbital coefficients下方，不同轨道后面的值全都是0，这可能是什么原因呢？

计算得到的vaspmo_k001.out文件的molecular orbital coefficients部分如下：
                           1         2         3         4         5
                           o         o         o         o         o
     eigenvalues --   -21.89903 -19.09073 -10.76592  -8.73413  -8.73412
   1 1   br 1s          0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
   2        2px         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
   3        2py         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
   4        2pz         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
   5 2   br 1s          0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
   6        2px         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
   7        2py         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
   8        2pz         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000

相关的contcar、procar和out文件在附件中，请您有时间的时候帮忙看一下，谢谢啦～

研究了半天，可能的原因是计算得到的procar格式问题，计算得到的格式如下：
band     1 # energy  -21.89999334 # occ.  2.00000000

ion      s     py     pz     px    dxy    dyz    dz2    dxz  x2-y2    tot
    1  0.384  0.000  0.000  0.015  0.000  0.000  0.001  0.000  0.002  0.402
    2  0.384  0.000  0.000  0.015  0.000  0.000  0.001  0.000  0.002  0.402
tot    0.769  0.000  0.000  0.030  0.000  0.000  0.002  0.000  0.005  0.805
ion          s             py             pz             px             dxy            dyz            dz2            dxz          dx2-y2  
    1 -0.620  0.000  -0.000  0.000   0.000  0.000  -0.120  0.000  -0.000  0.000  -0.000  0.000   0.028  0.000   0.000  0.000  -0.048  0.000   0.402
    2 -0.620  0.000  -0.000  0.000   0.000  0.000   0.120  0.000   0.000  0.000  -0.000  0.000   0.028  0.000  -0.000  0.000  -0.048  0.000   0.402
charge 0.768          0.000          0.000          0.029          0.000          0.000          0.002          0.000          0.005          0.803

更：目前发现手动将上述格式更改为以下格式之后可以正常运行
ion      s     py     pz     px    dxy    dyz    dz2    dxz  x2-y2   
1        0                -0.147                -0.122                0.106                0                0                0                0                0
1       0 0 0 0 0 0 0 0 0
2        -0.029                -0.153                -0.128                0.116                0                0                0                0                0
2       0 0 0 0 0 0 0 0 0
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yinyanru134楼
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