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tzweir

金虫 (小有名气)

[求助] 求助:为什么我的Discover计算结果氢键键能为0? 已有2人参与

1、首先用Amorphous Cell构建了一个碱性水溶液体系,力场compass
2、然后通过Discover模块的Minimizer优化体系
3、用Discover模块跑动力学,NPT模式,温度298K,压力0.0001GPa,跑完后看生成的Status.txt,我注意到Hydrogen Bond那一块是0,不知道是怎么回事?

===Status.txt===
  
  Discover, Version 2010.1
  Operation: dynamics
  Temperature    265K
  Step         19992
  Sim Time     19992fs
  CPU Time   0:26:14
  
  -4056.34  Potential (kcal/mol)
  --------
  -5080.35  Electrostatic
   4812.19  vdW Repulsive
  -3876.13  vdW Dispersive
      0.00  Hydrogen Bond
  
  -4144.29  Nonbond (Total)
  --------
    710.86  Angle
    667.52  Bond
  -1059.39  Torsion
      0.00  Out-of-Plane
  
    -62.20  Restraint (Total)
  --------
      0.00  Distance
      0.00  Angle
      0.00  Torsion
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多为成功找方法,少为失败找理由。
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qingdong1990

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
tzweir: 金币+18, ★★★★★最佳答案, 谢谢 2014-06-26 09:37:02
月只蓝: 金币+3, 漂亮的回答。 2014-06-26 09:45:52
compass力场是不存在氢键作用的,在非键结作用项里包含了。氢键是在一些比较老的力场里的,新一些的力场不单独考虑氢键。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
好好学习
3楼2014-06-26 07:44:23
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查看全部 3 个回答

月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
tzweir: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢版主 2014-06-26 09:37:22
根据计算结果,可以认为不存在氢键作用。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
2楼2014-06-25 20:19:38
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