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hbl215

金虫 (文坛精英)

[求助] 关于噬菌体展示技术的一些问题已有4人参与

最近在学习基因重组跟噬菌体展示技术这一块,完全小白一枚,再看文献中有几个问题想请教:
1.从杂交瘤细胞中提取总RNA反转录成CDNA,再设计带有poly-C尾巴的anchor引物作为5’端引物扩增抗体的可变区,这里的5’端引物是不是仅靠这些G-C配对就可以延伸呢,如果是的话至少需要多少碱基配对就可以保证延伸?
2.3’端的基因特异性引物是以FR4为模板设计的么,还是其他的设计方案?或者3’端引物以恒定区序列为模板设计,先扩增出整个重轻链基因,再通过基因序列比对,除去一样的恒定区序列,剩下的就是可变区序列?
3.在噬菌体库的富集筛选中,为什么富集到最后一轮,库容量越来越大呢?我的理解是筛去原始库中的一些不结合的噬菌体后,库应该越来越小呀,最后浓缩出高结合力的精华呀。
希望做过的懂得的帮我解释一下,小白不胜感激!
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whui

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
hbl215: 金币+50, ★★★很有帮助 2014-06-27 09:31:34
关于5‘引物,一般是用leader 或者FR1的保守序列来设计兼并引物使用。不知道你所说的polyC具体是指什么?mRNA帽子结构?
3’端引物,通常做FAB库,会将恒定区CH1/CK的末端来作为引物使用。对于scFv库,可以CH1/CK的恒定区起始端做一扩引物,再用FR4作为二扩引物,当然也可以用FR4序列直接做引物来扩增。
和CDR的定义不同,恒定区序列已经有了严格的定义,你可以找文献或IMGT看看。
富集筛选,顾名思义当然是越来越富集了:) 前面已经有人提过了,你可以理解为:筛选剩下的克隆被特异性富集,此时的库容只代表富集的程度,而非抗体多样性了。
看你介绍,应该是做鼠抗,现在应经有很多现成的引物集可以用,你可以查查文献。这里推荐一篇经典的
Efficient amplification and direct sequencing of mouse variable regions from any immunoglobulin gene family

另外,你是本科还是硕士,这种应用性很强的课题最好有师兄师姐带着做,会快捷很多。
7楼2014-06-26 14:39:38
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普通回帖

hbl215

金虫 (文坛精英)

顶起!等待。。
2楼2014-06-24 16:04:27
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hbl215

金虫 (文坛精英)

顶起!
3楼2014-06-25 09:13:58
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hbl215

金虫 (文坛精英)

高手在哪里呀,等待解答
4楼2014-06-25 16:16:11
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wersdu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
hbl215: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-06-26 09:30:29
第三个问题,一般在第一轮、第二轮富集过程中,库容不会有明显的增加,第三轮富集库容一般会增加2-3个数量级,是与抗原结合的噬菌体大量拷贝,测序后会发现大量重复克隆。
5楼2014-06-26 08:48:02
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hbl215

金虫 (文坛精英)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wersdu at 2014-06-26 08:48:02
第三个问题,一般在第一轮、第二轮富集过程中,库容不会有明显的增加,第三轮富集库容一般会增加2-3个数量级,是与抗原结合的噬菌体大量拷贝,测序后会发现大量重复克隆。

哦,明白了,那在每一轮的筛选,是把整个库全部筛,还是扩增后取部分出来筛,其余的保存?同样,最后一轮后测序也是扩增后选取部分测序么?
6楼2014-06-26 09:29:58
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hbl215

金虫 (文坛精英)

引用回帖:
7楼: Originally posted by whui at 2014-06-26 14:39:38
关于5‘引物,一般是用leader 或者FR1的保守序列来设计兼并引物使用。不知道你所说的polyC具体是指什么?mRNA帽子结构?
3’端引物,通常做FAB库,会将恒定区CH1/CK的末端来作为引物使用。对于scFv库,可以CH1/CK的 ...

谢谢!给我比较全的答案,我是本科,第一次接触这个领域,目前主要是在学习理论呀,我感觉是最好有人带着我做,实践中会发现更多问题,会进步得更快。
我所说的5‘引物是指模板5‘加上poly-G,然后通过poly-C来配对,这样设计的5‘引物。这个是我看论文学习的,存在疑问,所以问问。你所说的leader是指什么呢?
8楼2014-06-27 09:30:57
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hbl215

金虫 (文坛精英)

引用回帖:
7楼: Originally posted by whui at 2014-06-26 14:39:38
关于5‘引物,一般是用leader 或者FR1的保守序列来设计兼并引物使用。不知道你所说的polyC具体是指什么?mRNA帽子结构?
3’端引物,通常做FAB库,会将恒定区CH1/CK的末端来作为引物使用。对于scFv库,可以CH1/CK的 ...

文章我下不到呀,可直接发给我么?谢谢哦,还有方便的话可以站内留个联系方式么
9楼2014-06-27 09:42:09
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whui

至尊木虫 (著名写手)

leader是指V区前面的信号肽。
模板5‘端加上dG,你是指mRNA反转录cDNA后形成的帽子结构吗?
10楼2014-06-27 10:06:47
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