| 查看: 2529 | 回复: 10 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
dxl20132009版主
|
[求助]
amber怎么处理模拟前的DNA 已有2人参与
|
|
|
我想用amber跑一个带有小分子的DNA，DNA和小分子都是自己用sybyl画的，小分子力场建好了，但是在用amber处理前期出现下列错误信息 输完这个命令后：comp = loadpdb DNA_2pc_3d.pdb Loading PDB file: ./DNA_2pc_3d.pdb -- residue 19: duplicate [ C] atoms (total 36) -- residue 19: duplicate [ H] atoms (total 49) -- residue 19: duplicate [ N] atoms (total 13) -- residue 19: duplicate [ O] atoms (total 7) -- residue 20: duplicate [ C] atoms (total 36) -- residue 20: duplicate [ H] atoms (total 49) -- residue 20: duplicate [ N] atoms (total 13) -- residue 20: duplicate [ O] atoms (total 7) Unknown residue: PC number: 18 type: Nonterminal Unknown residue: PC number: 19 type: Terminal/last ..relaxing end constraints to try for a dbase match 。。。。。。。。。。。。。。。。。。 Created a new atom named: 'H5' within residue: .R<DA 37> Created a new atom named: 'H2' within residue: .R<DA 37> Created a new atom named: 'H2' within residue: .R<DT3 38> Created a new atom named: HCA within residue: .R<DT3 38> Created a new atom named: 'H5' within residue: .R<DT3 38> Bond: Maximum coordination exceeded on .R<PC 19>.A<H 3> -- setting atoms pert=true overrides default limits ATOMS NOT BONDED: .R<PC 19>.A<N 2> .R<PC 19>.A<H 3> !FATAL ERROR---------------------------------------- !FATAL: In file [atom.c], line 444 !FATAL: Message: bondAtomProblem found ! !ABORTING. 请问是怎么回事？是DNA的问题吗？那么DNA该怎么处理呢？ |
回复此楼» 猜你喜欢
材料科学与工程339求调剂
已经有9人回复
-
材料与化工调剂一志愿大连海事085600，349
已经有9人回复
-
292求调剂
已经有8人回复
-
275求调剂
已经有7人回复
-
材料调剂
已经有11人回复
-
288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工
已经有25人回复
-
085602化学工程268分蹲调剂
已经有4人回复
-
282求调剂
已经有14人回复
-
301求调剂
已经有3人回复
-
总分343，求生物学调剂
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 用amber制作小分子力场参数时突然遇到的一些问题
已经有12人回复
- MS里的forcite 模块只能用自带的那三个力场吗？想用trappe力场是不是要用lammps?
已经有6人回复
- 选择学习charmm还是amber呢？
已经有10人回复
- 使用amber力场，一些参数无法获得
已经有5人回复
- 关于用amber跑REMD计算的流程及输入文件的设置
已经有6人回复
- Amber的轨迹处理问题
已经有3人回复
- 求用到AMBER force field的开源软件
已经有10人回复
- 用amber模拟γ-CD
已经有6人回复
- 用AMBER处理DNA分子，5‘端的碱基中的P与3个O为什么不能过力场？
已经有3人回复
- amber跑蛋白复合物动力学前，小分子用高斯如何处理
已经有7人回复
- Amber如何分析疏水作用？
已经有6人回复
- AMBER原子类型怎么修改？
已经有7人回复
- 如何做动力学模拟pdb文件
已经有4人回复
- 关于amber动力学模拟中MM/GBSA的问题
已经有7人回复
- 有没有人用Amber做过膜蛋白动力学模拟
已经有14人回复
- Amber tools 中的antechamber 必须要在安装了amber11的前体下才能使用么?
已经有4人回复
- AMBER中qm/mm的问题
已经有5人回复
- 【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场
已经有16人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【求助】AMBER11安装问题
已经有5人回复
iamthinking
主管区长
浪客琴心
- 应助: 31 (小学生)
- 金币: 9202.6
- 红花: 5
- 帖子: 371
- 在线: 145.7小时
- 虫号: 1400522
- 注册: 2011-09-13
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
6楼2014-06-19 15:07:27
smutao
专家顾问
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-06-19 14:57:27
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-06-19 14:57:27
|
本帖内容被屏蔽 |
2楼2014-06-18 13:27:37
dxl20132009
管理员
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 2048.9
- 帖子: 57
- 在线: 66.2小时
- 虫号: 2894319
- 注册: 2013-12-25
- 性别: MM
- 专业: 药物设计与药物信息
3楼2014-06-19 10:13:02
iamthinking
实习版主
浪客琴心
- 应助: 31 (小学生)
- 金币: 9202.6
- 红花: 5
- 帖子: 371
- 在线: 145.7小时
- 虫号: 1400522
- 注册: 2011-09-13
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2014-06-19 14:40:34
